员工不能因公司未支付垫付费用而拒绝提交离职流程。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 离职流程的法律性质

1. 离职流程是员工的法定义务：根据《劳动合同法》的相关规定，员工离职时需要按照公司的规定办理离职手续，这是员工的法定义务。离职流程通常包括提交离职申请、办理工作交接等步骤。
2. 离职流程与垫付费用无直接关联：离职流程是员工与公司之间劳动关系解除的必经程序，而公司未支付垫付费用是员工与公司之间的债权债务关系。两者在法律性质上是独立的，不能相互混淆或作为对抗的理由。

二. 垫付费用的处理方式

1. 协商解决：员工可以与公司就垫付费用的问题进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，公司可以承诺在员工离职后的一定期限内支付垫付费用。
2. 法律途径：如果协商无果，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付垫付费用。

三. 拒绝提交离职流程的风险

1. 可能影响后续就业：如果员工拒绝提交离职流程，可能会导致公司拒绝出具离职证明或解除劳动合同证明，从而影响员工后续的就业和社保缴纳。
2. 可能承担法律责任：如果员工因拒绝提交离职流程而给公司造成损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。

综上所述，员工不能因公司未支付垫付费用而拒绝提交离职流程。员工应当按照公司的规定办理离职手续，并通过协商或法律途径来解决垫付费用的问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。