员工因公垫付的费用，离职后公司应当支付。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

从法律层面来讲，员工因公垫付的费用属于公司应当承担的支出。根据《中华人民共和国民法典》中关于委托合同的相关规定，员工因工作需要为公司垫付费用，可视为接受公司的委托处理事务，公司作为委托人应当承担处理事务的费用。同时，在劳动法律关系中，员工为公司工作，因工作产生的合理费用理应由公司报销。如果公司拒绝支付，就违反了法律规定，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益，比如向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。

实际操作角度

在实际工作中，员工因公垫付费用的情况比较常见，比如出差时的交通费、住宿费，为公司采购办公用品的费用等。一般来说，公司都会有相应的报销制度和流程。员工在垫付费用后，应按照公司的要求及时整理好相关的票据和报销凭证，填写报销单并提交给公司。公司在收到报销申请后，应当及时进行审核和处理。如果员工离职时还有未报销的因公垫付费用，公司有义务在员工离职时一次性结清。

特殊情况分析

1. 票据缺失：如果员工因公垫付费用后，部分票据丢失，这可能会给报销带来一定的困难。但只要员工能够提供其他证据证明费用的真实性和合理性，比如同事的证言、消费记录等，公司仍然应当予以报销。不过，为了避免这种情况的发生，员工在垫付费用时最好妥善保管好所有的票据。
2. 费用合理性争议：有时候公司可能会对员工垫付的费用合理性提出质疑，比如认为住宿费用过高、采购价格不合理等。在这种情况下，员工需要提供相应的证据来证明费用的合理性，比如同地区同档次酒店的住宿价格对比、市场采购价格调查等。如果双方无法达成一致意见，可以通过协商、调解或者仲裁等方式解决。

建议

1. 对于员工：在因公垫付费用时，要保留好所有的票据和报销凭证，及时按照公司的报销流程提交报销申请。如果离职时还有未报销的费用，要与公司协商好支付时间和方式，并保留好相关的沟通记录。
2. 对于公司：要建立健全的报销制度和流程，明确费用报销的标准和要求，及时审核和处理员工的报销申请。对于离职员工的未报销费用，要按照约定及时支付，避免引发不必要的法律纠纷。

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