结论前置：一般情况下，工伤赔偿不会扣除保险赔偿，二者可并行主张，但存在部分费用需扣除或补足差额的情况。以下是具体分析：

1. 保险赔偿与工伤赔偿的性质不同，通常可并行主张

• 保险赔偿：若车辆投保了交强险、商业三者险等，事故中由保险公司对第三方（如行人、其他车辆）的损失进行赔偿，属于民事侵权赔偿范畴。
• 工伤赔偿：根据《工伤保险条例》，员工在工作时间因工作原因受到事故伤害，可享受工伤保险待遇，包括医疗费、伤残补助金、一次性工伤医疗补助金等，属于劳动保障范畴。
• 法律关系：二者基于不同法律关系（侵权责任与工伤保险），赔偿项目和标准不同，通常可同时主张。例如，员工因交通事故受伤，既可向第三方索赔（保险赔偿），也可申请工伤认定并享受工伤待遇。

2. 部分费用可能需扣除或补足差额

• 医疗费用：若保险赔偿已覆盖全部医疗费，工伤赔偿中可能不再重复支付该部分费用（需提供医疗费发票等凭证）。但若保险赔偿不足，工伤基金可补足差额。
• 伤残补助金：保险赔偿中的伤残赔偿金与工伤的一次性伤残补助金性质不同，通常可同时获得，但需注意计算基数和标准差异（如保险按事故责任比例，工伤按本人工资）。
• 误工费与停工留薪期工资：保险赔偿中的误工费与工伤的停工留薪期工资可能存在重叠。实践中，若保险已赔偿误工费，工伤停工留薪期工资可能不再重复支付，或按“就高不就低”原则补足差额。

3. 特殊情形：第三方责任导致工伤

• 若事故由第三方（如其他车辆）造成，员工可先向第三方索赔（保险赔偿），再申请工伤认定。根据《社会保险法》第四十二条，医疗费用由第三方支付后，工伤保险基金不再重复支付，但其他工伤待遇（如伤残补助金、护理费等）仍可享受。
• 例外：若第三方逃逸或无力赔偿，工伤保险基金可先行支付，后续有权向第三方追偿。

4. 操作建议

• 及时申请工伤认定：事故发生后1年内，向社保部门提交工伤认定申请，确保工伤待遇权利。
• 保留证据：保存医疗费发票、事故责任认定书、保险理赔单据等，以便后续主张权利。
• 协商或诉讼：若用人单位或保险公司拒绝支付，可通过劳动仲裁或诉讼解决争议。

总结：保险赔偿与工伤赔偿通常不冲突，但需注意医疗费、误工费等项目的处理方式。具体案件中，建议结合事故责任、保险条款及工伤认定结果综合主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询。