结论：保险公司是否需要扣除对方已给的2万元，取决于多个因素，包括保险条款的具体约定、事故责任的划分、赔偿项目的性质等，不能一概而论。以下分情况详细说明：
保险条款的约定
- 不同的保险产品有不同的条款设计。有些保险条款可能明确规定，在保险理赔时，对于被保险人已经从第三方（如本案例中的肇事方）获得的赔偿，保险公司有权进行相应扣除。这是基于保险的“损失补偿原则”，即被保险人不能通过保险获得超过其实际损失的赔偿。
- 然而，也有一些保险条款可能并未明确规定此类扣除，或者规定了特定的扣除条件和限额。因此，首先需要仔细查阅保险合同中的相关条款，以确定保险公司是否有权扣除这2万元。
事故责任的划分
- 在交通事故中，责任的划分对于赔偿的处理至关重要。如果对方被认定为全责，那么对方及其保险公司应承担全部赔偿责任。在这种情况下，如果对方已经支付了2万元，这可能被视为部分赔偿或预付款。
- 如果保险公司后续理赔时，发现这2万元已经覆盖了某些赔偿项目（如医疗费、误工费等），那么保险公司可能会根据实际情况进行扣除，以避免重复赔偿。但如果这2万元并未完全覆盖所有应赔偿项目，或者保险公司认为这些款项与后续理赔项目不重叠，则可能不会扣除。
赔偿项目的性质
- 赔偿项目通常包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、精神损害抚慰金等。如果对方支付的2万元明确用于支付某些特定项目（如医疗费），而后续保险理赔也涉及这些项目，那么保险公司可能会根据实际支付情况进行扣除。
- 如果对方支付的2万元并未明确指定用途，或者用于支付了保险理赔范围外的项目（如营养费、交通费等，具体取决于保险条款），则保险公司可能不会扣除这2万元。
实际操作中的协商与沟通
- 在处理此类问题时，与保险公司的沟通和协商至关重要。您可以向保险公司提供对方支付2万元的相关证据（如收据、转账记录等），并说明这些款项的具体用途和性质。
- 保险公司可能会根据您提供的信息和保险条款的规定，进行综合评估后决定是否扣除这2万元。如果双方存在争议，还可以考虑通过法律途径解决。