针对您提出的问题：“员工工资扣掉社保公积金后到手实发工资低于本市最低生活标准合法不”，以下是我的详细解答：

结论前置：扣除社保公积金个人缴费部分后，员工实际到手的工资低于本市最低工资标准是不合法的。

详细分析：

首先，我们需要明确最低工资标准的定义。最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准是为了保障劳动者的基本生活需求而设定的，因此，用人单位支付给劳动者的工资，在扣除相关费用后，仍应确保不低于这一标准。

接下来，我们分析社保公积金的扣除情况。社保公积金包括个人应缴纳的部分和单位应缴纳的部分。根据相关规定，个人应缴纳的社会保险费和住房公积金是从员工工资中扣除的，但这一扣除并不意味着用人单位可以因此降低支付给员工的工资至最低工资标准以下。换句话说，最低工资标准是指员工在扣除个人应缴社保公积金等费用前的应得工资，而非扣除后的实发工资。

实例说明：

假设本市最低工资标准为每月2500元（此数字为假设，实际标准请参照当地政策），员工小张的月工资为2600元。在扣除个人应缴纳的社保公积金300元后，小张实际到手的工资为2300元。这种情况下，虽然小张的实发工资低于了其税前工资，但仍然高于本市最低工资标准，因此是合法的。然而，如果小张的月工资在扣除社保公积金后低于了2500元，那么用人单位的做法就是不合法的。

处理方式：

如果您作为劳动者遇到了此类情况，即扣除社保公积金后实际到手的工资低于了本市最低工资标准，您首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：

综上所述，扣除社保公积金个人缴费部分后，员工实际到手的工资低于本市最低工资标准是不合法的。作为劳动者，您应了解自己的权益，并在遇到问题时积极寻求解决方案。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准，以维护劳动者的基本生活需求。