结论前置：这种情况是否合法不能一概而论，需要分情况讨论。

1. 关于社保缴费基数

   • 合法情况：根据相关规定，职工工资收入低于当地上一年职工平均工资60%的，以当地上一年职工平均工资的60%为缴费基数。如果当地最低工资标准高于当地上一年职工平均工资的60%，而公司按照最低工资标准缴纳社保，同时该员工的工资确实低于当地上一年职工平均工资60%，那么这种缴费方式是合法的。例如，某地区上一年职工平均工资为5000元，其60%为3000元，当地最低工资标准为3500元，员工工资为2800元（低于3000元），此时公司按3500元（最低工资标准）缴纳社保是符合规定的。
   • 不合法情况：如果员工的工资高于当地上一年职工平均工资60%，但公司却按照最低工资标准为其缴纳社保，这就违反了规定。比如上述例子中，员工工资为3200元（高于3000元），公司仍按3500元（最低工资标准）缴纳社保就不合法，公司应按照3200元作为缴费基数来缴纳社保。因为社保缴费基数原则上应按照职工上年度月平均工资性收入来确定，当职工工资高于当地上年度职工平均工资300%的，以当地上年度职工平均工资的300%为缴费基数；职工工资在当地上年度职工平均工资60% - 300%之间的，按实申报；职工工资收入低于当地上一年职工平均工资60%的，才以当地上一年职工平均工资的60%为缴费基数。

2. 关于公积金缴费基数

   • 合法情况：住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例，单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。新参加工作的职工从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例；单位新调入的职工从调入单位发放工资之日起缴存住房公积金，月缴存额为职工本人当月工资乘以职工住房公积金缴存比例。不过，各地一般也会规定公积金缴费基数的上下限，下限通常不低于当地最低工资标准。如果员工工资低于当地规定的公积金缴费基数下限，公司按照最低工资标准缴纳公积金是合法的。例如某地规定公积金缴费基数下限为2000元，当地最低工资标准为2200元，员工工资为1800元，此时公司按2200元（最低工资标准）缴纳公积金是合法的。
   • 不合法情况：若员工工资高于当地规定的公积金缴费基数下限，公司却按最低工资标准缴纳公积金，这就不合法。比如上述例子中，员工工资为2500元（高于2000元），公司仍按2200元（最低工资标准）缴纳公积金，违反了规定，公司应按照2500元作为缴费基数来缴纳公积金。

如果遇到公司这种不合法缴纳社保和公积金的情况，你可以先与公司协商解决；协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。