结论：公司公积金未按照员工实际工资缴纳，而是按最低标准缴纳，在多数情况下是不合法的。具体是否合法，需结合员工的实际工资水平与当地规定的最低缴存基数来判断。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金的月缴存额应为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位同样需按照这一原则为员工缴存住房公积金。这意味着，公积金的缴纳应当与员工的实际工资挂钩，而非简单地按照最低工资标准来执行。

2. 合法情形：

   • 如果员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。例如，若当地最低缴存基数为2000元，而某员工月工资为1800元，单位按2000元为基数缴纳即为合法。但这种情况较为特殊，且需确保当地确实存在这样的最低缴存基数规定。

3. 不合法情形：

   • 如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但单位却统一按最低标准缴纳，这明显违反了《住房公积金管理条例》的规定。例如，员工上一年度月平均工资为8000元，而单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳，这种做法是不合法的。

4. 对员工权益的影响：

   • 公积金账户积累减少：按照最低工资标准缴纳公积金会导致员工每月公积金账户的入账金额减少，长期累积下来，公积金账户的总额将明显低于按实际工资缴纳的情况。
   • 贷款额度受限：公积金贷款额度往往与公积金账户余额、缴存基数等因素紧密相关。较低的缴存基数可能会降低员工在购房时可申请的公积金贷款额度，从而增加其购房的资金压力。

5. 员工应对措施：

   • 与公司沟通：员工可以先尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确指出公司当前公积金缴纳方式存在的问题，要求其按照法律规定和实际工资情况调整公积金缴存基数并补缴差额。在沟通过程中，要注意保留相关的证据，如工资条、银行流水等，以证明自己的实际工资收入。
   • 向住房公积金管理中心投诉：如果与公司沟通无果，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉举报。住房公积金管理中心会对公司的公积金缴纳情况进行调查核实，并根据调查结果作出相应的处理决定。若查实公司确实存在少缴行为，会责令其限期补缴。
   • 法律途径维权：如果住房公积金管理中心的处理结果未能满足员工的诉求，或者公司在规定的期限内仍未履行补缴义务，员工还可以考虑通过申请劳动仲裁或提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

• 需注意到部分地区存在特殊规定，即若职工工资低于当地上一年社会平均工资的60%，则可能按照该社会平均工资的60%作为缴费基数。在这种情况下，如果当地的最低工资标准达到或高于此下限要求，公司按最低工资缴纳公积金可能是合规的。但这种情况较为少见，且需具体核实当地的规定。

总结与建议：

• 公积金作为员工的重要福利，对于解决住房问题、提高生活质量具有重要意义。公司应严格遵守相关法律法规，按照员工实际工资水平合理确定缴存基数，以充分保障员工的权益。
• 员工也应了解自己的权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。