公积金没按全额工资缴纳是不合法的。

根据《住房公积金管理条例》的相关规定，职工住房公积金的缴存由职工个人缴存和单位缴存两部分组成，且职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5%，有条件的城市可适当提高，但最高一般不超过12%。这意味着，公积金的缴存基数应是职工的上一年度月平均工资，并且单位和职工个人都需按比例缴存，而不是仅由职工个人承担全部费用或从工资中全额扣除。

若单位未按照全额工资为基数为职工缴存公积金，或未按规定比例缴存，即构成未足额缴纳公积金的违法行为。此行为不仅违反了国家法律法规，还损害了职工的合法权益，因为公积金是职工的重要住房保障和福利之一。

对于此类违法行为，职工有权向住房公积金管理中心投诉并要求处理。经查证属实后，住房公积金管理中心会要求单位补交未足额部分，并可能对单位进行处罚。同时，职工也可以通过法律途径维护自己的权益，要求单位承担相应的法律责任。

综上所述，公积金没按全额工资缴纳是不合法的，单位应严格遵守相关法律法规，确保按时、足额为职工缴存住房公积金。若遇到此类问题，职工应积极维护自己的权益，通过合法途径解决公积金缴存问题。