关于您提出的“补缴社保时发现扣除社保后工资低于最低标准是否合法”的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要议题，我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细解答。

首先，明确最低工资标准的含义：

最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准通常包含个人缴纳的社会保险费等在内的应得工资，且不得因扣除某些费用而降低至该标准以下。

接下来，我们分两种情况来讨论：

1. 扣除个人应缴纳社保部分后低于最低标准：

   • 法规依据：根据相关规定，用人单位支付给劳动者的工资，在剔除延长工作时间工资、特殊工作环境下的津贴以及法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等后，不得低于当地最低工资标准。此处的“剔除”并不包括个人应缴纳的社会保险费。
   • 实例说明：假设当地最低工资标准为每月2000元，您的月工资为2200元，扣除个人社保应缴纳的300元后，实际到手工资为1900元。这种情况下，用人单位的做法是不合法的，因为您的实际到手工资低于了最低工资标准。

2. 扣除单位应缴纳社保部分后（实际上这种情况不应发生，因为单位应缴部分不应从员工工资中扣除）导致工资低于最低标准：

   • 法规依据：社保费用由单位和个人共同承担，单位有义务按照规定为员工缴纳社保，且这部分费用不能从员工工资中扣除。如果单位将本应由其承担的社保费用转嫁给员工，导致员工工资低于最低工资标准，这不仅违反了最低工资标准的相关规定，也违反了社会保险法的相关规定。
   • 处理方式：如果您遇到此类情况，首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

另外，还需要注意特殊地区的规定：

部分地区有特别规定，即最低工资标准是剔除了个人缴纳的社会保险费等项目后的净收入。在这些地区，用人单位支付给劳动者的实际工资（扣除社保后）必须不低于当地公布的最低工资标准。如果扣除社保后工资低于此标准，那么用人单位的做法同样是不合法的。

总结与建议：

综上所述，无论是扣除个人应缴纳社保部分还是单位应缴纳社保部分（实际上单位应缴部分不应扣除），导致劳动者实际到手的工资低于当地最低工资标准都是不合法的。您在遇到此类问题时，应积极与用人单位沟通并寻求解决方案；若无法解决，则应通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准。