结论：扣除社保后工资低于最低工资标准一般是不合法的，但需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 最低工资标准的定义与适用范围
   根据《最低工资规定》，最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。该标准包含个人缴纳的社会保险费和住房公积金（即“应发工资”需达到最低标准）。

   • 若扣除社保后实发工资低于最低标准，但应发工资（含社保个人部分）已达标：合法。例如，某地最低工资为2000元/月，劳动者应发工资2200元（含个人社保300元），扣除后实发1900元，此时符合规定。
     
   • 若应发工资（含社保个人部分）仍低于最低标准：违法。用人单位需补足差额，否则劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 特殊情形下的合法性边界

   • 试用期工资：不得低于本单位相同岗位最低档工资的80%，或劳动合同约定工资的80%，且不得低于用人单位所在地的最低工资标准（含社保个人部分）。
     
   • 非全日制用工：小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准，结算周期支付总额不得低于最低工资标准（含社保个人部分）。
     
   • 停工停产期间：若用人单位未安排工作，仍需支付不低于最低工资标准的80%作为生活费（部分地区规定可能不同，需结合地方性法规）。

3. 劳动者维权路径

   • 协商：与用人单位沟通，要求补足工资差额。
     
   • 投诉：向当地劳动保障监察机构举报（如12333热线）。
     
   • 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁或向法院起诉，主张工资差额及经济补偿（如用人单位恶意拖欠）。

温馨提示：若您发现工资扣除社保后低于最低标准，建议先核对工资条中的“应发工资”项目是否达标，再结合自身情况选择维权方式。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。