扣低工资补公积金是否合法，需分情况讨论：

1. 若用人单位与劳动者协商一致，且调整后的工资不低于当地最低工资标准：

   • 在这种情况下，用人单位通过调整工资结构（如降低基本工资，但增加公积金缴纳比例或金额）来补缴公积金，通常是合法的。因为双方已经就工资和公积金的调整达成了共识，且调整后的工资水平仍然符合法定最低工资标准。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资和福利待遇等。

2. 若用人单位未经劳动者同意，单方面扣低工资补公积金：

   • 这种行为通常是不合法的。因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位无权单方面降低劳动者的工资水平。即使是为了补缴公积金，也不能成为降低工资的理由。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。若未经协商一致，用人单位单方面变更劳动合同（包括工资）是违法的。

3. 若调整后的工资低于当地最低工资标准：

   • 无论用人单位是否与劳动者协商一致，只要调整后的工资低于当地最低工资标准，就是违法的。因为最低工资标准是保障劳动者基本生活需要的最低限额，用人单位必须确保劳动者的工资不低于这一标准。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

建议与风险提示：

• 如果你发现用人单位存在扣低工资补公积金的行为，且未经你同意或调整后的工资低于最低工资标准，你可以先与用人单位进行协商，要求恢复原工资水平或补足差额。
• 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议保留好相关证据，如工资条、劳动合同、公积金缴纳记录等，以便在需要时提供证明。

总结：扣低工资补公积金是否合法，取决于是否经过劳动者同意以及调整后的工资是否低于当地最低工资标准。如果未经同意或低于最低工资标准，则是不合法的。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。