关于扣除社保后工资是否低于最低工资标准并判断其合法性的问题，这确实是一个涉及劳动者切身利益的重要议题。下面，我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细分析。

首先，我们需要明确最低工资标准的含义：

最低工资标准，是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准通常是为了保障劳动者的基本生活需要而设定的，因此，它应当包含劳动者应得的所有工资性收入，包括个人缴纳的社会保险费等。

接下来，我们分两种情况来讨论：

1. 扣除个人应缴纳社保部分后的情况：

   • 在大多数情况下，最低工资标准是包含个人缴纳的社会保险费的。这意味着，如果用人单位在支付工资时，已经考虑了社保的扣除，但扣除后的工资（加上社保个人缴费部分）仍然达到或高于当地最低工资标准，那么这种做法是合法的。
   • 然而，如果扣除社保后，劳动者的实际到手工资低于了当地最低工资标准，那么用人单位的做法就是不合法的。因为这种情况下，劳动者的实际收入已经无法满足其基本生活需要。

2. 特殊地区或特殊规定的情况：

   • 部分地区可能有特别规定，即最低工资标准是剔除了个人缴纳的社会保险费等项目后的净收入。在这些地区，用人单位支付给劳动者的实际工资（扣除社保后）必须不低于当地公布的最低工资标准。
   • 如果在这些特殊地区，扣除社保后工资低于当地最低工资标准，那么用人单位的做法同样是不合法的。因为这违反了当地关于最低工资标准的特别规定。

那么，劳动者应该如何维护自己的权益呢？

• 如果劳动者发现用人单位支付的工资不符合最低工资标准的要求，首先应当与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
• 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。劳动保障部门将对此进行调查，并根据调查结果采取相应的措施来保护劳动者的权益。

总结与建议：

扣除社保后工资是否低于最低工资标准并判断其合法性，需结合当地的具体法规和实际情况来综合考量。在大多数情况下，如果扣除社保后劳动者的实际到手工资低于当地最低工资标准，那么用人单位的做法是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需要。