结论：专业分包方的签证单经过发包方确认但总包方未签字，其效力需根据具体情况判断，可能有效也可能无效，或需结合其他证据综合认定。以下从不同角度进行详细分析。
一、签证单的法律性质与效力基础
签证单在建设工程中通常作为工程量、工期变更或费用调整的书面凭证，其法律效力源于合同约定及法律规定。若合同明确约定签证单需经发包方和总包方共同确认方生效，则总包方未签字可能导致签证单效力存疑；若合同未明确约定或仅要求发包方确认，则发包方确认后签证单可能已具备法律效力。
法律依据：
- 《民法典》第四百六十五条：依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
- 建设工程合同中关于签证流程的约定，若合法有效，则对合同双方具有约束力。
二、总包方未签字的可能影响
合同约定角度：
- 若合同明确规定签证单需总包方签字确认，则总包方未签字可能导致签证单对总包方不产生法律效力，但可能仍对发包方有效（取决于合同具体条款）。
- 若合同未明确规定总包方签字为生效要件，则发包方确认后签证单可能已生效，总包方未签字不影响其效力。
实际履行角度：
- 即使总包方未签字，若发包方已实际接受签证单内容（如按签证单支付工程款），则可能视为发包方对签证单的认可，总包方未签字不影响其实际效力。
- 若总包方未签字且未实际履行签证单内容，则可能引发争议，需通过诉讼或仲裁解决。
证据效力角度：
- 签证单作为书面证据，其证明力需结合其他证据综合认定。即使总包方未签字，若签证单内容真实、合法，且与其他证据（如施工记录、付款凭证等）相互印证，则可能被法院或仲裁机构采纳。
三、法律建议与风险防范
完善合同条款：
- 在签订建设工程合同时，应明确签证单的确认流程、生效要件及争议解决方式，避免因条款不明确引发争议。
及时沟通确认：
- 专业分包方在提交签证单后，应及时与发包方和总包方沟通确认，确保签证单得到及时、有效的确认。
保留证据：
- 专业分包方应妥善保管签证单原件及相关证据（如提交记录、沟通记录等），以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 若因签证单效力问题引发争议，专业分包方应及时寻求专业律师的帮助，通过诉讼或仲裁等法律途径维护自身权益。
四、可能法律后果
签证单有效：
- 若法院或仲裁机构认定签证单有效，则发包方和总包方需按签证单内容履行义务（如支付工程款、调整工期等）。
签证单无效或部分无效：
- 若法院或仲裁机构认定签证单无效或部分无效，则可能根据合同约定和实际情况调整工程量、工期或费用等。
引发其他争议：
- 签证单效力问题可能引发其他争议（如工期延误责任、质量瑕疵责任等），需结合具体情况综合处理。
总结：专业分包方的签证单经过发包方确认但总包方未签字，其效力需根据合同约定、实际履行情况及证据效力等因素综合判断。为避免争议，建议专业分包方在签订合同时明确签证流程、及时沟通确认并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。