签证单已经发包人签字但未经发包人上级主管部门签字，其效力需结合具体情况判断，不能一概而论认为无效。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定优先

在建设工程施工合同中，双方通常会就签证单的确认程序作出明确约定。如果合同中明确规定签证单必须经发包人及其上级主管部门共同签字确认才有效，那么未经上级主管部门签字的签证单，在合同层面可能被视为无效。然而，若合同中并未明确要求上级主管部门签字，或者仅规定发包人签字即可，那么发包人签字后的签证单应视为有效。

二、监理签字效力

根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，监理单位受发包人委托，对工程施工进行全面监督，包括工程量、质量等方面的确认。如果签证单已经监理单位签字确认，且发包人无法提供充分证据推翻监理的签认，那么可以推定签证单中的工程量或事实确已实际发生。在此情况下，即使未经发包人上级主管部门签字，签证单也可能被认定为有效。

三、实际履行情况

除了合同约定和监理签字外，签证单的效力还需结合实际履行情况进行判断。如果承包人已经按照签证单的内容实际完成了施工，且发包人已经接受并使用了相关工程成果，那么未经上级主管部门签字的签证单也可能被认定为有效。因为在此情况下，签证单已经实际履行，且发包人已经从中受益。

四、法律后果与建议

1. 对于承包人而言：

   • 在提交签证单时，应尽量确保按照合同约定的程序进行，包括发包人及其上级主管部门的签字确认（如合同有要求）。
   • 如果合同未明确要求上级主管部门签字，或者发包人拒绝签字但签证内容已经实际履行，承包人应保留相关证据，如施工记录、照片、监理确认等，以备后续争议解决之需。

2. 对于发包人而言：

   • 在收到签证单后，应及时进行审核并签字确认（如合同有要求）。
   • 如果认为签证单内容不实或存在争议，应及时与承包人沟通并协商解决，避免拖延导致争议升级。
   • 即使未经上级主管部门签字，如果签证单内容已经实际履行且符合合同约定，发包人也应按照签证单的内容进行结算和支付。

在实际操作中，建议双方在合同中明确签证单的确认程序和要求，以避免后续争议。如果发生争议，可以依据合同约定、实际履行情况以及相关法律法规进行解决。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。