“旷一天扣三天工资”的做法是不合法的。以下从不同角度对此进行详细分析：

一、旷工当天的工资处理

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条以及《工资支付暂行规定》的相关规定，工资是员工提供劳动所应得的报酬。因此，员工旷工一天，用人单位有权不支付当天的工资，即当天应得工资为0元。但用人单位不得因此额外扣除其他正常工作日的工资。

二、额外扣除的合法性

“旷工一天扣三天工资”的做法，实际上构成了对员工工资的额外扣除，这种做法违反了法律规定。用人单位不得因员工旷工而额外扣除其他正常工作日的工资。如果用人单位因此不足额支付劳动者报酬，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至可能要求单位支付解除劳动合同的经济补偿金。

三、经济损失的赔偿

虽然《工资支付暂行规定》第十六条规定，如果员工的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除需满足以下条件：

1. 每月从员工工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%；
2. 扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

这意味着，即使员工旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位也不能随意扣除员工的工资，而是需要遵循法律规定的限额和程序进行赔偿。

四、员工应对措施

1. 与单位协商：员工首先应与用人单位沟通，要求按照实际旷工天数合理扣除工资，并指出“旷工一天扣三天工资”的不合法性。
2. 申请仲裁或投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

五、用人单位内部规章制度的制定

虽然《劳动法》未对旷工行为做出具体规定，但用人单位有权根据自身情况制定内部规章制度。然而，这些制度必须合法、合理，并向员工进行公示或告知。员工也有权了解并遵守这些制度。在制定旷工扣罚规定时，用人单位应确保不违反《劳动法》及《工资支付暂行规定》的相关要求，即扣罚不能超出法律规定的范围。

总结与建议：

“旷工一天扣三天工资”的做法明显超出了法律允许的范畴，实际上可能构成变相克扣劳动者工资。用人单位在制定相关规章制度时，应严格遵守法律法规，确保扣罚规定的合法性。劳动者在面对不合理的扣罚时，应积极维护自己的合法权益，通过合法途径进行申诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。