结论前置：关于“旷工一天扣三天工资是否包含旷工的那天”，通常的理解是包含旷工当天在内，即员工旷工一天后，不仅当天工资不予发放，还会额外扣除相当于两天工资的金额作为处罚。但具体是否包含，还需依据用人单位规章制度的具体规定来确定。同时，这种“旷工一天扣三天工资”的做法，在多数情况下是不合法的，可能侵犯了劳动者的合法权益。

详细分析：

1. 旷工扣工资的通常理解：

   • 在实践中，“旷工一天扣三天工资”往往被理解为包含旷工当天。即员工旷工一天，不仅当天工资被扣除，还会额外扣除两天的工资作为处罚。然而，这种理解并非绝对，具体还需看用人单位的规章制度。

2. 用人单位规章制度的合法性：

   • 用人单位有权根据员工的实际出勤情况扣除相应的工资，但劳动法并未明确规定旷工一天应扣多少工资。因此，用人单位在制定相关规章制度时，应遵循合法、公正、公平的原则。
   • 如果规章制度中明确规定旷工1天扣3天工资且不含当天，那么应按此执行。但若规章制度表述不清晰，或者未经过民主程序制定、未向劳动者公示，那么这样的规定可能不具备法律效力，一般应理解为包含当天。
   • 更重要的是，即使规章制度中有“旷工一天扣三天工资”的规定，这种做法也可能因超出合理范围而违反劳动法关于劳动报酬支付的相关规定。

3. 合法扣款的方式与限制：

   • 如果劳动者旷工，用人单位可以依据合法有效的规章制度扣除其当天工资作为处罚。
   • 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

4. 劳动者的权益保护：

   • 劳动者在面对不合理的扣款时，有权与公司进行沟通，指出“旷工一天扣三天工资”的规定不合法，要求足额支付工资。
   • 若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权监督检查用人单位的工资支付情况，并责令限期支付克扣的工资。
   • 如问题仍未解决，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及相应的经济补偿。

建议与总结：

• 对于用人单位而言，应当制定合法、公正、公平的规章制度，明确旷工处理的具体方式，避免超比例克扣工资的情况发生。
• 对于劳动者而言，应遵守劳动纪律，避免旷工等违纪行为的发生。同时，也要了解自己的合法权益，面对不合理的扣款时，要敢于维权，通过合法途径维护自己的劳动权益。

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