结论：旷工扣三天工资的做法，若理解为额外扣除两天工资作为惩罚（即旷工当天不支付工资外，再额外扣除两天工资），通常是不合法的。用人单位仅能合法地不支付旷工当天的工资，而不能额外多扣工资。

详细分析：

1. 旷工当天工资的处理：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬。因此，若劳动者旷工一天，用人单位有权不支付当天的工资。例如，若劳动者月工资为3000元，按照月计薪天数21.75天计算，日工资约为137.93元。若该劳动者旷工一天，用人单位可以合法地不支付这137.93元。

2. 额外扣除工资的合法性：

   • 用人单位不得因劳动者旷工而额外扣除其他正常工作日的工资。这意味着“旷工一天扣三天工资”的做法，即除了旷工当天不支付工资外，还额外扣除两天工资，违反了法律规定，构成了变相克扣工资。
   • 如果用人单位因此不足额支付劳动者报酬，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至可能要求单位支付解除劳动合同的经济补偿金。

3. 经济损失赔偿的例外：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除需满足以下条件：每月从员工工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%；扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
   • 这意味着，即使劳动者旷工给用人单位造成了损失，用人单位也不能随意多扣工资作为惩罚，而是需要遵循法律规定的限额和程序进行赔偿。

4. 用人单位规章制度的合法性：

   • 用人单位在制定规章制度时，应确保内容合法、公正、公平，并明确旷工处理的具体方式。若规章制度中明确规定旷工一天扣三天工资（包括当天），且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据该规定执行。但如前所述，这种做法往往超出了合理范围，可能被视为违法。
   • 因此，建议用人单位在制定规章制度时，避免超比例克扣工资的情况发生，以维护劳动者的合法权益。

5. 劳动者的应对措施：

   • 若劳动者遇到用人单位旷工扣三天工资的情况，首先应与用人单位沟通，要求按照实际旷工天数合理扣除工资，并指出“旷工一天扣三天工资”的不合法性。
   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

建议：

• 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规，制定合法、公正、公平的规章制度，明确旷工处理的具体方式，避免超比例克扣工资的情况发生。
• 对于劳动者而言，应了解自己的权益和法律程序，在遇到旷工扣款等问题时，及时与用人单位沟通并采取合适的措施来保护自己的合法权益。

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