结论：旷工三天是否扣工资，需分情况讨论。若公司规章制度合法且明确规定旷工扣除当天工资，则用人单位可依法不支付旷工当天的工资；但若公司额外扣除超过旷工天数的工资（如旷工三天扣六天工资），则通常不合法。以下从不同角度详细分析：

一、法律对旷工扣工资的基本规定

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位无权随意克扣劳动者工资，包括以旷工为由额外扣除工资。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一规定限制了用人单位因劳动者旷工等行为造成损失时的扣款额度。

二、旷工当天工资的扣除

• 合法扣除：如果劳动者旷工，用人单位有权不支付旷工当天的工资。例如，某劳动者月工资为3000元，按照月计薪天数21.75天计算，日工资约为137.93元。若该劳动者旷工一天，用人单位可以合法地不支付这137.93元。

三、额外扣除工资的合法性分析

1. 公司规章制度：

   • 用人单位可以制定内部规章制度来管理员工，包括旷工的处理方式和处罚措施。但这些规章制度必须通过民主程序制定，内容不得违反法律、行政法规及政策规定，并且需要向劳动者公示或告知。
   • 如果规章制度中的扣款规定显失公平，如明显超过劳动者因旷工给用人单位造成的实际损失，或者额外扣除超过旷工天数的工资（如旷工三天扣六天工资），那么这样的规定在司法实践中可能不会被完全支持，甚至可能被认定为无效。

2. 实际损失与扣款关系：

   • 若旷工行为确实给用人单位造成了实际且明确的重大经济损失，并且用人单位能够充分举证证明损失金额，那么用人单位有权要求劳动者赔偿损失，并从工资中合理扣除相应款项。但这种扣除仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
   • 举例：假设劳动者旷工三天，给用人单位造成了1000元的直接经济损失。若该劳动者月工资为3000元，则用人单位每月最多可从其工资中扣除600元（3000元的20%）作为赔偿。若劳动者当月工资扣除赔偿后低于当地最低工资标准，则需按最低工资标准支付。

四、员工权益保护与建议

1. 了解公司规章制度：员工在入职时应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于旷工和扣款的规定。

2. 沟通与协商：如果员工对扣款有疑问或不满，有权与公司的人力资源部门或相关部门进行沟通，并可以寻求合理的解释或调整。

3. 法律途径：如果用人单位存在克扣工资等违法行为，员工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。

总结：旷工三天是否扣工资，需根据公司的合法规章制度和实际情况来判断。用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格按照法律规定执行。员工也应了解自己的权益，并在必要时采取合适的措施来保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。