“旷工一天扣三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度对此进行详细分析：

法律依据明确

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了工资支付的原则，即用人单位必须按时足额支付劳动者工资，不得随意克扣。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一条款限制了用人单位扣除劳动者工资的情形和比例，旷工一天扣三天工资显然超出了这一范围。

法理分析

从公平合理原则出发，旷工一天仅表示劳动者未提供这一天的劳动，用人单位有权不支付这一天的工资作为惩罚。但扣除三天工资则让劳动者承担了超出其过错程度的责任，这显然不公平，也违背了权利义务对等的基本法理原则。

特殊情况考量

若用人单位能证明劳动者旷工行为造成了额外三天工资数额的经济损失，并有确凿证据和合理计算依据，那么要求劳动者赔偿相应损失可能得到法律支持。但这与直接扣除工资是不同的法律概念，需通过合法途径处理，如通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。

合同条款与合法性

即使“旷工一天扣三天工资”作为劳动合同条款在员工入职时已明确告知，并得到了员工的同意，也不意味着该条款就合法。它必须不违反国家强制性法律法规，否则仍不具备法律效力。因此，用人单位不能仅凭劳动合同中的条款就随意扣除劳动者工资。

实际操作建议

• 协商解决：劳动者遇到此类情况，首先应与用人单位协商解决，表达自身合法权益，要求用人单位按照法律规定支付工资。
• 法律途径维权：协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动监察部门或仲裁机构将依法调查处理，确保劳动者的合法权益得到保障。

综上所述，“旷工一天扣三天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。