结论前置：

1. 一般情况下，“旷工1天扣3天工资”的做法是不合法的，因为它违反了《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》中关于不得克扣劳动者工资的规定。
2. 但在特定情况下，如果公司有合法、合理且经过员工同意或认可的规章制度，并明确规定了此类处罚措施，且该规定不违反法律法规，那么这种做法可能是被允许的，不过这种情况较为少见且需严格满足条件。

详细分析：

法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了工资支付的原则，即不得克扣或无故拖欠。
• 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这一条款限制了用人单位扣除劳动者工资的情形和比例。

旷工1天扣3天工资的违法性分析

• 超出法定扣薪范围：旷工是指劳动者无正当理由未按规定提供劳动。公司可以不支付旷工当天的工资，这是合理的。但“旷工1天扣3天工资”实际上多扣了劳动者2天的工资，这属于克扣工资的行为，违反了上述法律中关于不得克扣劳动者工资的规定。
• 缺乏事实依据与合理性：公司需要证明旷工1天会给其造成相当于3天工资的经济损失，否则适用此类处罚没有事实依据。同时，即使存在经济损失，也需要考虑处罚的合理性，不能随意设定高额罚款。
• 规章制度的合法性：虽然公司可以制定规章制度来管理员工，但这些制度必须合法、合理，且经过员工的同意或认可（如通过工会等组织）。如果规章制度本身存在违法或不合理的情况，那么其中的处罚措施也是无效的。

特殊情况考量

• 经济损失的赔偿：如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，且该损失与旷工行为有直接因果关系，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分仍需遵守《工资支付暂行规定》中的限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
• 规章制度的制定与公示：即使公司希望制定更为严格的旷工处罚措施，也必须确保这些措施合法、合理，并经过合法的程序制定和公示。否则，这些措施可能因违法或不合理而被视为无效。

建议与操作指南

• 劳动者角度：如果公司存在此类违法扣薪的情况，劳动者首先应与公司进行协商，要求其按照法律规定支付工资。若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 公司角度：公司在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并充分尊重员工的权益。在处罚旷工行为时，应遵循法定程序和限制，避免过度处罚或违法扣薪。

总结： “旷工1天扣3天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。公司在制定和执行相关规定时，应谨慎考虑各方面因素，确保规定的公平、公正和合理；劳动者也应了解自己的权益，必要时采取法律手段维护自身利益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。