结论前置：旷一天工扣两天工资的做法通常是不合法的，因为它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
详细分析：
法律依据与劳动者权益：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利。工资是劳动者通过劳动所应获得的报酬，用人单位应当按月以货币形式支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除两天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
用人单位规章制度的合法性：
- 用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。
- 但这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如旷工一天扣两天工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力。
经济损失与赔偿的合理性：
- 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。
- 直接扣两天工资作为赔偿，往往缺乏合理的计算依据和证据支持，因此通常被视为不合法。
合法合理的处理方式：
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等。
- 但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，不能通过扣减多天工资的方式来惩罚劳动者的旷工行为。
劳动者的维权途径：
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
建议与总结：
- 用人单位在制定规章制度时，应确保内容的合法性和合理性，避免违反法律法规的规定。对于旷工等违纪行为，应设定合法、合理的处理方式和处罚措施。
- 劳动者在面对不合理的扣款或处理方式时，应积极与用人单位沟通协商，并寻求专业的法律帮助以维护自己的合法权益。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。