结论前置：

1. 旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，用人单位仅能合法地不支付旷工当天的工资，而不能额外多扣工资。
2. 具体的扣款情况还需参考公司规章制度和当地法律法规，但任何扣款都应确保合法、合理，且不超过法定限制。

详细分析：

法律基础

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款是保护劳动者工资权益的基本法律原则，也是判断旷工扣款是否合法的重要依据。

旷工扣款的合法性

1. 旷工当天工资的扣除：

   • 如果劳动者旷工，用人单位有权利不支付旷工当天的工资。例如，某劳动者月工资为3000元，按照月计薪天数21.75天计算，日工资约为137.93元（3000÷21.75）。若该劳动者旷工一天，用人单位可以合法地不支付这137.93元。

2. 额外扣款的违法性：

   • “旷工一天扣三天工资”的做法，即除了旷工当天不支付工资外，还额外扣除两天工资，这实际上构成了变相克扣工资，违反了《劳动法》的规定。用人单位无权随意多扣工资作为惩罚。

公司规章制度的合法性

• 用人单位可以制定内部规章制度来管理员工，包括旷工的处理方式和处罚措施。但这些规章制度必须通过民主程序制定，内容不得违反法律、行政法规及政策规定，并且需要向劳动者公示或告知。
• 如果规章制度中的扣款规定显失公平，如明显超过劳动者因旷工给用人单位造成的实际损失，那么这样的规定在司法实践中可能不会被完全支持，甚至可能被认定为无效。

合法扣除的范围与限制

• 根据劳动法律法规，单位无权对员工进行罚款，只能按照劳动合同的约定以及单位的合法规章制度来扣除相应的工资。
• 合法扣除的工资应仅限于旷工当天的工资，而不应额外扣除其他天数的工资。额外扣除属于克扣工资，是违法的。
• 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。同时，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

劳动者的维权途径

• 如果用人单位以旷工为由扣了多于旷工当天的工资，劳动者首先可以与用人单位进行协商，要求其返还多扣的工资。
• 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付克扣的工资。
• 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结与建议：

旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的，它违反了劳动法的相关规定，损害了劳动者的合法权益。因此，建议用人单位在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格遵守劳动法律法规。同时，劳动者在遇到类似不公正待遇时，应及时咨询专业的劳动法律人士（如我，曹晓晨律师）或向相关部门投诉寻求帮助，以维护自己的合法权益。