结论：职务侵占数额较小，公司依然可以依据内部规章制度开除该员工，但需满足一定条件。

一、法律层面分析

从法律层面来看，职务侵占行为即便未达到刑事立案标准，也损害了公司的利益，违背了职业道德和公司规定。公司的规章制度作为劳动合同的重要组成部分，一旦员工违反，公司便有权解除劳动合同。这是因为，规章制度是公司对员工行为的基本要求，员工在签署劳动合同时即表示接受并遵守这些规定。因此，当员工出现职务侵占等违规行为时，公司有权依据规章制度进行相应处理，包括开除。

二、公司操作要求

然而，公司要辞退这类员工，并非可以随意为之，而是需要满足一系列条件：

1. 规章制度完善且合法：公司必须有完善且合法的规章制度，明确将职务侵占行为列为可辞退的情形。这要求规章制度在制定和公示过程中，必须符合法定程序，确保员工的知情权和参与权。
2. 证据充分：公司还应收集足够的证据，来证明员工存在职务侵占行为以及该行为的严重程度。证据可以包括但不限于财务记录、监控录像、证人证言等。只有证据充分，才能确保辞退行为的合法性和合规性，避免引发劳动纠纷。

三、违法辞退的后果

如果公司违法辞退员工，即未满足上述条件而擅自开除员工，可能需要向员工支付赔偿金等费用。这是因为，违法辞退侵犯了员工的合法权益，员工有权要求公司承担相应的法律责任。因此，公司在处理此类问题时需谨慎行事，确保辞退行为的合法性和合规性。

四、实际案例分析

以小朱为例，小朱是某公司员工，在工作期间存在职务侵占行为，但侵占金额未达刑事立案标准。公司发现后，依据内部规章制度决定辞退小朱。小朱认为自己的行为未构成犯罪，公司不应辞退他，双方因此产生争议。从法律层面来看，小朱的行为虽然未构成犯罪，但损害了公司利益，违反了职业道德和公司规定。公司依据规章制度辞退小朱，是合法且合规的。当然，如果公司规章制度不完善、不合法，或者证据不充分，那么辞退行为就可能存在违法风险。

建议：作为员工，应当严格遵守公司的规章制度和职业道德规范，避免出现职务侵占等违规行为。作为公司，在辞退员工时应当确保规章制度的完善性和合法性，并收集充分的证据来证明员工的违规行为及程度。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。