员工和公司账款两清是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情况
双方自愿且合法约定：
- 如果员工和公司之间的账款两清是基于双方自愿、平等、公平的原则，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么这种账款两清是合法的。例如，员工因个人原因离职，与公司就工资、奖金、报销等款项进行了清算，并签署了相应的清算协议，这种情况下账款两清就是合法的。
符合劳动合同或公司规定：
- 如果账款两清的内容符合劳动合同中的约定或者公司内部的规定，且这些约定或规定本身不违反法律法规，那么账款两清也是合法的。比如，劳动合同中明确规定了离职时员工需要与公司清算的款项范围及方式，员工按照合同约定与公司进行了清算，这种情况下账款两清同样合法。
非法情况
存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果账款两清的过程中存在欺诈、胁迫等非法手段，导致员工在违背真实意愿的情况下与公司进行了清算，那么这种账款两清就是非法的。例如，公司以不支付工资为威胁，迫使员工放弃某些应得权益，这种情况下账款两清无效。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果账款两清的内容违反了法律法规的强制性规定，比如涉及最低工资标准、社会保险缴纳等法定权益的剥夺或限制，那么这种账款两清也是非法的。例如，公司要求员工在离职时放弃未休年假的工资补偿，这违反了劳动法的相关规定，因此账款两清无效。
法律建议
- 审查清算协议：员工在签署账款清算协议前，应仔细审查协议内容，确保协议内容合法、合规，并充分了解自己的权益和义务。
- 保留相关证据：员工应保留与账款清算相关的所有证据，如工资单、报销单、清算协议等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果员工对账款清算有疑问或认为自己的权益受到了侵害，可以寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。
总结来看，员工和公司账款两清是否合法，取决于清算的过程和内容是否符合法律法规的规定以及双方的自愿、平等、公平原则。如果有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。