公司设置两套账是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国公司法》：
- 根据《中华人民共和国公司法》第一百七十一条，公司除法定的会计账簿外，不得另立会计账簿。对资产，以公司名义购置的资产（包括有形资产和无形资产）必须列入公司法定账簿内进行核算和管理。这是判断公司设置两套账是否违法的核心法律依据。如果公司违反此规定，另立会计账簿，将面临法律制裁。
《中华人民共和国会计法》：
- 《中华人民共和国会计法》第三条、第九条、第十六条、第二十条等条款均明确要求各单位必须依法设置会计账簿，并保证其真实、完整。各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，不得私设会计账簿进行登记、核算。如果公司设置两套账，一套对内、一套对外，以隐藏真实财务状况或达到少缴税款等非法目的，将违反《中华人民共和国会计法》的相关规定。
二、法律后果
行政处罚：
- 如果公司设置两套账被税务机关发现，将面临严重的行政处罚。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条第一款的规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税行为。税务机关将追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
刑事责任：
- 如果公司设置两套账的行为构成犯罪，如逃税罪等，将依法追究刑事责任。根据相关法律规定，逃税数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，将处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，将处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
三、实际案例
- 实践中，已有不少企业因设置两套账而被税务机关查处并受到严厉处罚的案例。例如，某房地产开发有限公司因设置两套账被税务机关查处，面临巨额罚款。该公司在检查所属期间采取在外账上少计收入、多列支出以及进行虚假的纳税申报等手段，造成少缴税款合计数百万元。最终，税务机关对该公司的行为进行了严厉处罚，包括追缴税款、滞纳金以及处以罚款等。
四、建议与风险提示
- 合法合规经营：公司应严格遵守相关法律法规的规定，依法设置会计账簿并进行会计核算。避免设置两套账等违法行为的发生，以确保公司的合法合规经营。
- 加强内部管理：公司应建立健全的内部管理制度和财务监督机制，确保财务数据的真实性和完整性。加强对财务人员的培训和管理，提高其法律意识和职业素养。
- 风险提示：如果公司已经存在设置两套账等违法行为，应尽快进行整改并主动向税务机关申报相关情况。以避免面临更严重的法律后果和声誉损失。
综上所述，公司设置两套账是违法的行为，将面临严重的法律后果。因此，我建议公司应严格遵守相关法律法规的规定，确保合法合规经营。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。