项目做一套账、公司做一套账的行为是不合法的，这种行为可能涉及财务造假和偷逃税款等违法行为，以下是对此问题的详细分析：
一、财务造假层面
违反会计准则：
- 会计准则要求企业真实、完整地记录和反映其经济活动。项目做一套账、公司做一套账，即所谓的“内外账”，显然违反了这一原则，导致财务报表不能真实反映企业的财务状况和经营成果。
构成虚假陈述：
- 如果企业对外提供的财务报表与内部实际记录的账目不符，可能构成虚假陈述。这不仅损害了投资者的利益，也可能误导监管机构和其他利益相关者。
二、税务违法层面
偷逃税款：
- 通过做两套账，企业可能隐瞒收入、虚增成本，从而减少应纳税额，达到偷逃税款的目的。这种行为违反了税收法律法规，一旦被发现，将面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金和罚款等。
涉嫌犯罪：
- 如果偷逃税款数额较大或者情节严重，可能构成逃税罪等刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，逃税罪的犯罪主体将面临有期徒刑、拘役和罚金等刑事处罚。
三、法律后果与防范建议
法律后果：
- 企业做两套账的行为一旦被发现，将面临严重的法律后果。除了上述的税务处罚和刑事处罚外，还可能影响企业的信誉和声誉，导致客户流失、合作伙伴关系破裂等不良后果。
防范建议：
- 建立健全的财务管理制度：企业应建立健全的财务管理制度，确保所有经济活动都得到真实、完整的记录和反映。
- 加强内部控制：企业应加强内部控制，确保财务信息的准确性和可靠性。这包括建立有效的审批流程、加强内部审计和监督等。
- 遵守税收法律法规：企业应严格遵守税收法律法规，按时足额缴纳税款。如有疑问或需要税务筹划，应咨询专业税务机构或律师的意见。
- 定期进行财务审计：企业应定期进行财务审计，确保财务报表的真实性和准确性。这有助于及时发现和纠正财务问题，避免法律风险。
总结来看，项目做一套账、公司做一套账的行为是不合法的，可能涉及财务造假和偷逃税款等违法行为。企业应严格遵守相关法律法规，建立健全的财务管理制度，加强内部控制和审计监督，确保财务信息的真实性和准确性。如果您或您的企业在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。