公司设置两套账违法，主要因为其违反了会计法、税法等相关法律法规的真实性、完整性和合法性要求。以下是具体的法律分析：
一. 违反会计法规定
真实性原则：根据《中华人民共和国会计法》的规定，各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务会计报告，不得做假账。设置两套账，通常意味着其中一套账是虚假的，或者两套账之间存在差异，这直接违反了会计核算的真实性原则。
完整性原则：会计法还要求会计资料必须完整、真实地反映企业的财务状况和经营成果。两套账的存在往往导致会计资料的不完整，因为部分经济业务可能只在其中一套账中反映，而另一套账则可能隐瞒或篡改这些信息。
二. 违反税法规定
偷税行为：如果公司通过两套账隐瞒收入、虚增成本以逃避税款，这将严重违反《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税行为。税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以高额罚款；情节严重时，还可能追究刑事责任。
税收公平原则：税法要求所有纳税人按照法定程序和标准缴纳税款，确保税收的公平性和公正性。两套账的存在破坏了这一原则，因为部分税款可能被逃避或漏缴，导致其他纳税人承担更多的税收负担。
三. 法律后果
行政处罚：对于设置两套账的企业，相关部门将依法进行查处，并给予相应的行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
刑事责任：如果两套账涉及金额巨大，或者造成严重的税收损失，相关责任人还可能面临刑事责任的追究，如被判处有期徒刑、拘役等刑罚。
综上所述，公司设置两套账之所以违法，是因为它违反了会计法、税法等相关法律法规的真实性、完整性和合法性要求。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也破坏了市场经济的公平性和公正性。因此，企业应严格遵守相关法律法规，确保会计信息的真实性和完整性，避免设置两套账的行为。