公司给员工发两笔工资是否合法，需根据具体情况综合判断，只要符合相关法律法规和劳动合同约定，即是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
合理的薪酬结构设计：
- 岗位工资与绩效工资：公司将工资分为岗位工资和绩效工资是常见的做法。岗位工资根据员工岗位和职级确定，绩效工资则依据工作业绩考核后发放，如销售提成。这种结构能激励员工，提高工作效率，是合法且合理的。
- 基本工资与奖金：根据员工表现和公司业绩发放奖金，作为工资的补充，也是合法的薪酬分配方式。
- 特殊福利或补贴：如住房补贴、交通补贴等，只要在公司薪酬制度中明确规定，并依法缴税，亦属合法。例如，公司为了吸引和留住人才，提供住房补贴作为员工福利的一部分，这是完全合法的。
遵守劳动合同与最低工资标准：
- 公司应全面履行劳动合同约定的支付工资义务，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。例如，即使公司分两笔发放工资，但只要两笔工资加起来不低于最低工资标准，就是合法的。
- 工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。公司应按照约定的时间节点支付工资，避免给员工带来不必要的困扰。
合理避税与税务合规：
- 若公司分两部分发工资旨在合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则此做法合法。但需注意，避税不等于逃税，公司应确保税务处理的合规性。
违法的情况
逃避纳税义务：
- 若公司分两部分发工资主要为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，即构成违法。这种行为不仅损害了国家的税收利益，也影响了员工的合法权益。
低于最低工资标准：
- 如公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，即违法。公司应确保员工的工资水平符合法律法规的要求。
掩盖加班工资等问题：
- 公司若压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，违反劳动法规定。加班工资是员工应得的劳动报酬，公司不得以任何形式进行克扣或隐瞒。
综合判断与建议
判断公司工资分发方式是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。若对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律意见和帮助。
综上所述，公司工资分两部分发放并非必然违法，关键在于是否符合相关法律法规和劳动合同约定，以及是否保障了员工的合法权益。公司在制定薪酬政策时，应充分考虑法律法规的要求和员工的实际需求，确保薪酬政策的合法性和合理性。