这种操作是否合法不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若转账行为基于合法业务需求且资金流向清晰
   若公司因业务需要（如报销、垫付、奖金发放等）向员工账户转账，员工随后将款项转给公司负责人是用于公司事务（如支付供应商款项、归还负责人代垫资金等），且资金流转有完整凭证（如合同、发票、审批记录等），则属于合法资金流转。例如：负责人代公司采购后，公司先将款项转至员工账户，再由员工转给负责人支付货款，此时需保留采购合同、付款凭证等证明资金用途。

2. 若转账行为涉及规避监管或存在利益输送
   若公司通过员工账户转账给负责人是为了规避税务、审计或监管要求（如隐藏收入、虚列成本、套取资金等），或负责人利用职务便利将公司资金转入个人账户用于私人消费，则可能涉嫌违法。例如：公司通过员工账户向负责人转账以逃避个人所得税缴纳，或负责人将公司资金用于个人购房、投资等，此时可能构成职务侵占、挪用资金或逃税等违法行为。

3. 若转账行为缺乏合理依据或程序瑕疵
   即使资金用途合法，若转账行为未履行公司内部审批流程（如未经财务部门审核、未留存转账记录等），或员工与负责人存在利益关联（如亲属关系），可能引发内部管理风险或监管质疑。例如：负责人未经审批要求员工将公司资金转至其个人账户，即使后续用于公司事务，也可能因程序瑕疵被认定为违规操作。

建议：

• 公司应完善资金管理制度，明确转账审批流程，避免通过员工账户中转资金；
  
• 若涉及大额转账或特殊用途，建议保留完整凭证并咨询财务或法律专业人士；
  
• 若发现负责人利用职务便利侵占公司资金，可依法追究其民事或刑事责任。
  

如有具体场景或疑问，可进一步向我咨询。