结论：能否通过劳动仲裁确认与用工单位的劳动关系，需根据实际情况判断，关键在于是否存在事实劳动关系，而不仅仅是工资发放方或合同签订对象。

一、劳动关系确认的核心要素

根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系的确认需综合以下要素：

1. 主体资格：用工单位和劳动者均需具备合法主体资格（如用工单位为合法注册的企业，劳动者为自然人且未达退休年龄）。
2. 管理关系：劳动者需接受用工单位的管理，遵守其规章制度（如考勤、考核、奖惩等）。
3. 业务组成：劳动者提供的劳动是用工单位业务的组成部分（如销售员销售公司商品、程序员开发公司软件）。
4. 报酬支付：劳动者从用工单位获得劳动报酬（即使通过第三方代发，若资金来源为用工单位，仍可能被认定为劳动关系）。

关键点：若您实际接受用工单位的管理，且工作内容属于其业务范围，即使工资由第三方发放、合同与第三方签订，仍可能被认定为与用工单位存在事实劳动关系。

二、合作协议与劳动关系的区分

1. 合作协议的性质：

   • 若合作协议明确约定双方为平等民事主体，按工作量或项目成果结算报酬，且您不接受用工单位的管理（如自行安排工作时间、无需遵守考勤制度），则更可能被认定为合作关系，而非劳动关系。
   • 法律依据：《民法典》第四百六十四条，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合作协议若符合民事合同特征，则不适用劳动法。

2. 劳动关系与合作关系的核心区别：

   • 从属性：劳动关系中，劳动者对用工单位具有人身从属性（如服从指挥、接受考核）；合作关系中，双方为平等主体，无强制管理关系。
   • 风险承担：劳动关系中，用工单位承担经营风险（如亏损时仍需支付工资）；合作关系中，双方按约定分担风险（如项目失败时可能无报酬）。

三、能否通过劳动仲裁确认劳动关系？

1. 若存在事实劳动关系：

   • 即使工资由第三方发放、合同与第三方签订，您仍可向劳动仲裁委申请确认与用工单位的劳动关系。
   • 证据要求：需提供证明事实劳动关系的证据，如：
     • 用工单位发放的工作证、服务证；
     • 考勤记录、考核表；
     • 同事证言；
     • 用工单位通过第三方代发工资的凭证（如银行流水显示资金来源为用工单位）；
     • 用工单位安排工作的邮件、微信记录等。

2. 若仅为合作关系：

   • 劳动仲裁委可能不予确认劳动关系，您需通过民事诉讼主张合作协议下的权利（如报酬支付、违约赔偿等）。

四、实务建议

1. 收集证据：

   • 立即保存与用工单位相关的所有证据（如工作记录、沟通记录、工资发放凭证等）。
   • 若可能，要求用工单位出具书面说明（如工作证明、岗位说明等）。

2. 申请劳动仲裁：

   • 向用工单位所在地的劳动仲裁委提交仲裁申请，请求确认劳动关系。
   • 仲裁请求需明确：确认与XX公司（用工单位）存在劳动关系，并说明事实与理由。

3. 后续维权：

   • 若仲裁确认劳动关系，可进一步主张工伤赔偿、未签合同双倍工资等权利。
   • 若仲裁未确认劳动关系，可考虑通过民事诉讼主张合作协议下的权利。

总结：能否通过劳动仲裁确认劳动关系，需结合您是否接受用工单位的管理、工作内容是否属于其业务范围等事实判断。建议您立即收集证据，并向专业律师咨询具体维权方案。如有进一步问题，可直接向我提问。