结论：能否与用工单位确认劳动关系，不能仅凭工资由第三方发放这一事实来确定，而需要综合考虑多个因素，包括但不限于用工单位与个体经营者之间的协议内容、实际用工情况、管理关系等。
分析：
协议内容：
- 首先，需要审查个体经营者与用工单位之间签订的协议。协议中是否明确规定了双方的权利义务，特别是关于劳动关系的认定部分。如果协议中明确指出个体经营者与用工单位之间不存在劳动关系，或者约定了其他形式的合作关系，那么这将是一个重要的判断依据。
实际用工情况：
- 其次，要考虑实际用工情况。即使工资由第三方发放，但如果个体经营者在实际工作中接受用工单位的直接管理、指挥和监督，且其工作是用工单位业务的组成部分，那么这可能表明双方存在劳动关系。
管理关系：
- 管理关系也是判断劳动关系的重要因素。如果用工单位对个体经营者的工作时间、工作地点、工作内容等有明确的安排和要求，且个体经营者需要遵守用工单位的规章制度，那么这同样可能表明双方存在劳动关系。
第三方发放工资的性质：
- 工资由第三方发放并不必然意味着个体经营者与用工单位之间不存在劳动关系。第三方发放工资可能是出于财务、税务或其他方面的考虑，而并不改变双方之间的实际劳动关系。因此，需要深入分析第三方发放工资的具体原因和背景。
建议：
- 如果个体经营者希望确认与用工单位之间的劳动关系，建议首先收集相关证据，包括协议文本、实际用工记录、管理关系证明等。
- 然后，可以尝试与用工单位进行协商，明确双方的关系性质。如果协商无果，可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果个体经营者与用工单位之间的劳动关系得到确认，那么个体经营者将享有劳动法规定的各项权利，如获得劳动报酬、享受社会保险和福利等。
- 如果双方之间的关系被认定为其他形式的合作关系，那么个体经营者可能需要依据合作协议来主张自己的权利，这可能涉及不同的法律适用和救济途径。
综上所述，能否与用工单位确认劳动关系需要综合考虑多个因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。