针对您提出的“单位不按制度文件取消证件补贴怎么办理”的问题，这虽然不直接属于涉企行政执法的范畴，但我们可以从一般性的解决流程和建议角度来为您提供指导。

首先，您需要明确以下几点：

1. 核实制度文件：

   • 确认单位所依据的制度文件是否真实存在，且内容明确规定了取消证件补贴的条件和程序。
   • 检查该制度文件是否经过合法程序制定并公布，是否具有法律效力。

2. 与单位沟通：

   • 与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解取消证件补贴的具体原因和依据。
   • 表达您对制度文件的理解和期望，以及取消补贴对您个人造成的影响。

3. 收集证据：

   • 如果您认为单位的行为违反了制度文件或相关法律法规，收集相关证据，如制度文件原文、沟通记录、工资单等。
   • 证据应能够清晰证明单位的行为与制度文件不符，或者存在其他违法行为。

4. 内部申诉：

   • 根据单位的内部规定，向更高层级的管理部门或申诉委员会提出申诉。
   • 在申诉过程中，保持冷静和理性，详细陈述事实和理由，提供证据支持。

5. 外部求助：

   • 如果内部申诉无果，您可以考虑向当地的劳动监察部门或工会组织寻求帮助。
   • 这些机构通常具有调解和监督的职能，可以协助您与单位进行沟通，并推动问题的解决。

6. 法律途径：

   • 如果上述途径均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 咨询专业律师，了解您的法律权利和可能的诉讼途径。

在处理此类问题时，建议您保持耐心和理性，遵循合法合规的程序来解决问题。同时，也要注意保护自己的个人信息和隐私，避免在沟通过程中泄露过多敏感信息。

最后，需要强调的是，每个单位的具体情况和制度文件可能有所不同，因此上述建议仅供参考。在实际操作过程中，您需要根据具体情况灵活调整策略，并寻求专业人士的帮助和指导。