结论前置：公司按照二档费用缴纳社保，但实际为员工缴纳的是一档社保的情况，是否合法需分情况讨论。一般情况下，若员工同意且社保待遇不受影响则可能合法；但若未经员工同意或导致员工社保待遇降低，则不合法。
一、合法情况分析
员工同意且社保待遇不受影响：
- 如果公司与员工之间有明确的协议或约定，员工同意公司按照二档费用缴纳社保，但实际享受的是一档社保的待遇（例如，公司通过其他方式补足了差额，或者一档与二档在具体待遇上差异不大，且员工对此表示接受），那么这种情况可能被视为合法。
- 法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确提及此种情况，但根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者应当依法参加社会保险，缴纳社会保险费。如果双方对此有明确的约定，并且不违反法律的强制性规定，那么这种约定可能是有效的。
公司操作符合地方政策或惯例：
- 在某些地区或行业中，可能存在一些特殊的政策或惯例，允许公司在一定范围内调整社保缴纳档次。如果公司的操作符合这些政策或惯例，并且得到了相关部门的认可或默许，那么这种情况也可能被视为合法。
- 注意：这种情况较为特殊，且需要具体的政策或惯例作为支撑。在一般情况下，公司应严格按照规定的社保缴纳档次进行缴纳。
二、不合法情况分析
未经员工同意擅自调整：
- 如果公司未经员工同意，擅自将原本应按照一档费用缴纳的社保调整为二档费用缴纳，那么这种行为可能构成违法。因为社保缴纳档次直接关系到员工的社保待遇，公司无权单方面进行变更。
- 法律依据：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。如果公司擅自调整社保缴纳档次，可能违反了这一规定。
导致员工社保待遇降低：
- 即使公司按照二档费用缴纳了社保，但如果这种缴纳方式导致员工的社保待遇（如医疗保险报销比例、养老保险待遇等）实际降低，那么这种行为也可能构成违法。因为社保制度的目的在于保障员工的基本生活需求，如果公司通过调整缴纳档次来降低员工的社保待遇，就违背了这一目的。
- 法律后果：在这种情况下，员工有权要求公司补足差额或恢复原有的社保待遇。如果公司拒绝履行这一义务，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、建议与措施
- 对于员工：如果发现公司擅自调整了社保缴纳档次，并且导致了自己的社保待遇降低，应及时与公司进行沟通协商，要求公司补足差额或恢复原有的社保待遇。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 对于公司：应严格按照规定的社保缴纳档次进行缴纳，不得擅自调整。如果确实需要调整社保缴纳档次，应事先与员工进行沟通协商，并取得员工的同意。同时，公司还应关注地方政策或惯例的变化，确保自己的操作符合相关规定。
总结：公司按照二档费用缴纳社保但实际为员工缴纳一档社保的情况是否合法，取决于多种因素，包括员工是否同意、社保待遇是否受影响以及是否符合地方政策或惯例等。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。