员工被第三方用人辞退时，赔偿金主要由实际用人单位承担，但在特定情况下，承担主体可能有所不同。以下是对这一问题的详细分析：

一、正常情况下赔偿金的承担

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果用人单位与员工解除劳动关系，并且符合支付经济补偿的情形（如用人单位无过错性辞退员工、经济性裁员等），那么赔偿金通常由该用人单位自行承担支付责任。例如，某公司因业务调整与一批员工协商一致解除劳动合同，按照法律规定需支付经济补偿，这笔赔偿金即由该公司负责支付给员工。在第三方用人（如劳务派遣中的用工单位）辞退员工的情况下，若辞退行为符合支付经济补偿的情形，且没有其他特殊约定或法律规定，原则上应由实际做出辞退决定的单位（可能是劳务派遣单位或用工单位，具体看合同约定和实际情况）承担赔偿责任。但更常见的是，劳务派遣关系中，劳务派遣单位是被派遣劳动者的用人单位，若因用工单位原因被退回劳务派遣单位，且劳务派遣单位解除劳动合同符合支付补偿的情形，那么赔偿金由劳务派遣单位支付。

二、特定情况下的赔偿金承担

1. 用人单位合并、分立时： 当用人单位发生合并或者分立等情况时，原劳动合同继续有效，并由承继其权利和义务的用人单位继续履行。若此时员工被辞退且需支付赔偿金，则由承继原用人单位权利义务的单位承担。比如，A公司与B公司合并成立C公司，若A公司原来的员工被辞退并需要支付赔偿金，那么这笔赔偿金应由C公司来承担。

2. 劳务派遣关系中的特殊情况： 在劳务派遣关系中，如果用工单位存在过错导致劳动合同解除，用工单位可能需要与劳务派遣单位一起承担连带赔偿责任，共同支付劳动者的经济补偿金等费用。例如，小王作为劳务派遣公司的员工被派到乙企业工作，若乙企业因经营问题将小王退回劳务派遣公司，且劳务派遣公司随后与小王解除劳动合同并符合补偿条件，正常情况下补偿金应由劳务派遣公司支付；但若乙企业存在过错（如违法退回、未提供必要劳动条件等），则乙企业可能与劳务派遣公司共同承担补偿责任。

3. 用人单位主体不存在时： 如果用人单位恶意注销等导致主体不存在，但经认定属于违法解除劳动关系，劳动者主张的赔偿金等可由原用人单位的股东等责任主体在一定范围内承担相应责任。不过，具体认定和承担方式需根据实际情况和法律规定来确定。

三、法律建议

• 明确劳动关系：员工应首先明确自己与哪个单位存在劳动关系，这是确定赔偿金承担主体的基础。
• 审查合同条款：员工应仔细审查与用人单位签订的劳动合同，特别是关于解除劳动合同和经济补偿的条款，以了解自己的权益。
• 及时维权：如果员工认为自己被违法辞退且未获得应有的赔偿金，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

在实际操作中，每个案件的具体情况都可能有所不同。因此，如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。