针对您提出的问题，即公司有协商解除文件，员工按照文件申请协商解除但公司不给办理，是否可以在职仲裁，我的结论是：在特定条件下，员工是有权在职申请劳动仲裁的。

1. 协商解除过程存在违法或违约行为：

   • 如果公司在与员工协商解除劳动合同时，存在欺诈、胁迫或利用员工困境迫使其签订解除协议的行为，那么该协议可能被视为无效。员工有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销该协议，并可能要求恢复劳动关系或获得相应的赔偿。
   • 同样，如果协商解除的协议内容存在重大误解或显失公平，员工也有权在一定期限内申请仲裁，请求变更或撤销该协议。例如，公司给予的经济补偿远低于法定标准，员工就有权提出仲裁。

2. 公司未履行协商内容：

   • 如果协商解除劳动合同后，公司未按照协议的内容履行相关义务，如未按时支付经济补偿金、加班工资或其他劳动报酬，员工完全可以通过仲裁来维护自己的权益，要求公司履行协议约定的义务。

3. 仲裁时效的考虑：

   • 需要注意的是，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工在发现自己的权益受到侵害时，应及时收集证据并在仲裁时效内提起仲裁申请。

法律建议：

• 在与公司协商解除劳动合同的过程中，员工应谨慎对待，确保自己的权益得到充分保障。如果对协商过程中的任何条款或条件有疑问或不确定因素，建议及时向我咨询以获取准确的法律建议和指导。
• 员工在签订解除协议前，应仔细阅读并理解协议的所有内容，特别是关于经济补偿、劳动报酬、加班工资等重要劳动权益的约定。如果发现协议中存在不公平或不合理的条款，应及时提出并与公司进行协商修改。
• 如果员工认为自己的权益受到了侵害，应及时采取行动，包括收集证据、咨询律师，并在仲裁时效内向仲裁机构提起仲裁申请，以维护自己的合法权益。

综上所述，员工在特定条件下是有权在职申请劳动仲裁的。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。