结论前置：员工在职期间可以申请劳动仲裁，且申请后有权选择离职，离职本身不影响劳动仲裁的进行和结果的判定。
一、在职员工申请劳动仲裁的法律依据与权利
法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者在职期间与用人单位发生劳动争议时，有权依法申请调解、仲裁或提起诉讼。这些法律规定并未限制劳动者在职期间申请劳动仲裁的权利。
劳动者权利：劳动者在申请劳动仲裁的同时，仍然享有劳动合同约定的各项权利，包括但不限于劳动报酬、休息休假、社会保险等。同时，劳动者也有权根据自己的意愿选择是否继续履行劳动合同，即有权选择离职。
二、离职对劳动仲裁的影响及注意事项
离职不影响仲裁进行：劳动仲裁是基于劳动者在职期间与用人单位产生的劳动纠纷进行的，仲裁结果主要依据纠纷发生时双方的权利义务关系以及相关事实和法律规定来判定。因此，劳动者后续是否离职，通常不会改变这些基础事实和法律适用，也不会影响仲裁案件的进行。
保留证据的重要性：虽然离职本身不影响仲裁，但劳动者在离职过程中应特别注意保留好相关证据，如离职通知的送达凭证、工作交接记录、工资单、劳动合同等。这些证据对于维护劳动者的合法权益至关重要，特别是在后续的仲裁或诉讼中可能起到关键作用。
离职方式与程序：建议劳动者以书面形式（如辞职信）提前通知用人单位，明确离职原因和离职时间，并遵循法定的离职程序。例如，根据《劳动合同法》的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这样做可以避免给自身带来不必要的法律风险，并确保离职过程的合法性。
三、离职后的权益保障与特殊情况处理
离职后权益依然受保护：劳动者在离职后，其合法权益仍然受到法律保护。如果用人单位存在违法行为，如未支付劳动报酬、未缴纳社会保险等，劳动者有权向相关部门投诉或继续申请仲裁，以维护自己的合法权益。
经济补偿金等费用的支付：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位在解除劳动合同时应当支付相应的经济补偿金等费用。如果用人单位未依法支付这些费用，劳动者可以通过法律途径追讨，包括向法院申请强制执行。具体计算公式可能因地区和具体情况而异，但一般遵循“工作年限×月工资”的原则进行计算。
特殊情况的即时离职权：若用人单位存在严重违法行为，如强迫劳动、未提供必要的劳动保护等，劳动者有权即时解除劳动合同，即随时离职，而无需再遵循提前通知等常规程序。这种情况下，劳动者应尽快收集相关证据，并向相关部门投诉或申请仲裁。
仲裁裁决的执行：即便劳动者已经离职，仍有权要求用人单位按照仲裁裁决的内容履行支付义务。如果用人单位不履行裁决，劳动者可以向法院申请强制执行，以确保自己的合法权益得到实现。
总结与建议：员工在职期间可以申请劳动仲裁，且申请后有权选择离职。在离职过程中，劳动者应特别注意保留好相关证据，并遵循法定的离职程序。如果用人单位存在违法行为或未履行仲裁裁决，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。