在职期间，劳动者完全有权申请劳动仲裁来维护自身合法权益。这一结论基于我国《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据与权利确认

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，当在职人员与用人单位之间发生下列劳动争议时，均有权申请劳动仲裁：

1. 确认劳动关系争议：比如，用人单位否认与劳动者存在劳动关系，劳动者可以通过劳动仲裁来确认双方的关系。
2. 劳动合同争议：包括劳动合同的订立、履行、变更、解除及终止过程中的争议。例如，用人单位未经协商擅自解除劳动合同，劳动者可以申请仲裁要求继续履行合同或获得经济补偿。
3. 除名、辞退、辞职及离职争议：如用人单位无正当理由辞退劳动者，劳动者可以申请仲裁要求恢复劳动关系或获得赔偿。
4. 工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护争议：比如，用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费用，劳动者可以申请仲裁要求补缴。
5. 劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金争议：如用人单位未按时足额支付工资、加班费等，劳动者可以申请仲裁要求支付拖欠的款项。

二、申请劳动仲裁的条件

1. 存在劳动关系：这是申请劳动仲裁的基础条件，无论劳动者是否在职，只要与用人单位存在事实或法律上的劳动关系，就可以申请仲裁。
2. 有明确的被申请人：即与劳动者发生劳动争议的用人单位。
3. 有具体的仲裁请求和事实理由：劳动者需要明确自己的仲裁请求，如要求支付拖欠的工资、加班费、经济补偿金等，并提供相应的事实和证据来支持其请求。
4. 属于劳动争议仲裁委员会的受理范围：必须属于《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定的劳动争议范畴。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请书：劳动者需向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并附上相应副本。申请书应详细载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实理由、证据及来源等。
2. 受理与审查：仲裁委员会在收到申请后五日内进行审查，符合受理条件的将予以受理，并通知申请人；不符合条件的，将书面通知不予受理并说明理由。
3. 开庭审理：仲裁庭将在开庭前五日通知双方当事人开庭日期和地点。如有正当理由，当事人可在开庭前三日申请延期开庭，由仲裁委员会决定是否准许。
4. 调解与裁决：仲裁庭在作出裁决前会尝试进行调解。若调解成功，将制作调解书；若调解不成或调解书送达前一方反悔，仲裁庭将及时作出公正裁决。

四、注意事项与建议

1. 时效问题：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时行使自己的权利，避免超过仲裁时效。
2. 证据收集：在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、同事证言等，以证明自己的主张。
3. 保持冷静与理性：在处理劳动争议时，劳动者应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击，以免影响仲裁结果。同时，也可以考虑在申请仲裁前先尝试与用人单位进行协商沟通，争取以和平方式解决争议。

综上所述，在职期间若遇到劳动争议，劳动者完全可以通过劳动仲裁这一法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。