公司与员工协商解除合同后，员工在特定条件下仍然可以申请仲裁。关键在于协商解除的过程及协议内容是否存在法律瑕疵、未履行的争议事项，以及是否遵守了仲裁时效的规定。
一、可以仲裁的情形
存在欺诈、胁迫或乘人之危：
- 如果公司在协商过程中采取了不正当手段，员工有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁，请求撤销协议或要求赔偿。
协议内容存在重大误解或显失公平：
- 当协议内容对员工存在重大误解，或协议中的权利义务明显不对等时，员工可以申请仲裁，请求变更或撤销协议。
公司未履行协商内容：
- 如果公司未按照协议内容履行相关义务，如未按时支付经济补偿金，员工可以通过仲裁来维护自己的权益。
二、不可以仲裁的情形
- 如果协商解除劳动合同是双方真实意愿的体现，且协议内容合法、公平，并且双方已经按照协议履行了各自的义务，那么员工再申请仲裁通常不会被支持。
三、仲裁时效
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工应及时在仲裁时效内提起仲裁申请。
四、建议与指导
- 在协商解除劳动合同时，员工应谨慎对待，确保自己的权益得到充分保障。如果对协商过程中的任何条款有疑问，建议咨询专业律师以获取法律建议。
- 员工在签订解除协议前，应仔细阅读并理解协议的所有内容，特别是关于经济补偿等重要劳动权益的约定。
- 如果员工认为自己的权益受到了侵害，应及时收集证据，并在仲裁时效内向仲裁机构提起仲裁申请。
综上所述，公司与员工协商解除劳动合同后，员工是否可以申请仲裁取决于具体的协商过程和协议内容以及是否存在违法或违约行为。员工应充分了解自己的权益和仲裁的相关规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。