结论：在职劳动仲裁中可以申请解除劳动关系，如果败诉，一般情况下仍能继续在本公司上班，但具体结果会受到多种因素的影响。
详细分析：
在职劳动仲裁中申请解除劳动关系：
- 在职期间，如果劳动者认为与用人单位的劳动关系存在无法调和的矛盾，或者用人单位存在违法行为（如拖欠工资、未缴纳社保等），劳动者有权向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁，并在仲裁请求中明确提出解除劳动关系的诉求。
- 仲裁委员会在受理案件后，会依法进行审理，并根据双方提供的证据和事实，作出裁决。如果裁决支持劳动者的诉求，那么劳动关系将自裁决生效之日起解除。
败诉后能否继续在本公司上班：
- 一般情况：如果劳动者在劳动仲裁中败诉，即仲裁委员会未支持其解除劳动关系的诉求，那么劳动者与用人单位的劳动关系仍然存在，劳动者应当继续履行劳动合同，包括继续在本公司上班。
- 特殊情况：然而，也存在一些特殊情况可能导致劳动者败诉后无法继续在本公司上班。例如，如果用人单位在仲裁过程中或仲裁后，以劳动者存在严重违反公司规章制度、不能胜任工作等合法理由为由，决定解除与劳动者的劳动关系，并依法履行了相关程序（如提前通知、支付经济补偿等），那么劳动者将无法继续在本公司上班。
- 另外，如果劳动者在仲裁败诉后，因个人原因（如找到新的工作、身体原因等）主动提出离职，那么也将导致劳动关系的解除。
法律建议：
- 准备充分证据：如果你打算在职劳动仲裁中申请解除劳动关系，务必准备充分的证据来支持你的诉求，如用人单位的违法行为证据、劳动合同、工资单等。
- 了解法律程序：在提起劳动仲裁前，建议详细了解劳动仲裁的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。
- 考虑后续影响：在决定是否提起劳动仲裁并申请解除劳动关系时，要充分考虑后续可能的影响，包括是否能够继续在本公司上班、是否需要寻找新的工作等。
- 寻求专业帮助：如果你对劳动仲裁的法律程序或相关规定不熟悉，建议寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保障。
可能后果：
- 如果劳动者在劳动仲裁中胜诉并成功解除劳动关系，那么将获得相应的经济补偿或赔偿（如未支付的工资、经济补偿金等）。
- 如果劳动者败诉且无法继续在本公司上班（因用人单位合法解除或个人原因离职），那么可能需要寻找新的工作机会，并可能面临一定的经济压力。
总之，在职劳动仲裁中申请解除劳动关系是一个复杂的法律问题，需要综合考虑多种因素。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。