在职期间是可以申请劳动仲裁来确认劳动关系的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议仲裁委员会负责处理用人单位与劳动者之间因确认劳动关系等发生的争议。这意味着，无论劳动者是否在职，只要与用人单位之间就劳动关系是否存在产生争议，都有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以确认双方之间的劳动关系。

申请劳动仲裁确认劳动关系的情形

1. 未签订书面劳动合同：在实际工作中，有些用人单位可能未与劳动者签订书面劳动合同，但双方实际上已经形成了劳动关系。在这种情况下，劳动者可以通过申请劳动仲裁来确认双方之间的劳动关系。
2. 劳动合同内容存在争议：即使双方签订了书面劳动合同，但合同内容可能存在模糊或争议之处，导致双方对劳动关系是否存在或具体内容产生分歧。此时，劳动者同样可以申请劳动仲裁来明确劳动关系。
3. 用人单位否认劳动关系：在某些情况下，用人单位可能出于各种原因否认与劳动者之间存在劳动关系，如逃避法律责任、拒绝支付工资或福利等。面对这种情况，劳动者可以通过申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

申请劳动仲裁的流程与注意事项

1. 准备证据材料：在申请劳动仲裁前，劳动者需要收集并整理相关证据材料，如工资单、工作证、考勤记录、同事证言等，以证明自己与用人单位之间存在劳动关系。
2. 提交仲裁申请：劳动者需要向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁申请应当明确载明双方的基本信息、仲裁请求、事实和理由等内容。
3. 参与仲裁程序：在仲裁过程中，劳动者需要积极参与，配合仲裁委员会的调查和调解工作。如果仲裁委员会认为需要开庭审理，劳动者还需要按时出庭，陈述自己的意见和提供证据。
4. 遵守仲裁裁决：仲裁委员会在审理后，会作出仲裁裁决。劳动者需要遵守仲裁裁决，如果用人单位不履行裁决，劳动者可以向人民法院申请强制执行。

可能的法律后果

1. 劳动关系得到确认：如果仲裁委员会裁决确认劳动者与用人单位之间存在劳动关系，那么劳动者将享有相应的劳动权益，如工资、福利、社会保险等。
2. 劳动关系未得到确认：如果仲裁委员会裁决驳回劳动者的仲裁请求，认为双方之间不存在劳动关系，那么劳动者可能需要考虑其他途径来维护自己的权益，如提起民事诉讼等。但这种情况相对较少，因为只要劳动者能提供足够的证据证明自己与用人单位之间存在劳动关系，仲裁委员会通常会予以确认。

建议：如果你在职期间与用人单位就劳动关系是否存在产生争议，建议及时收集相关证据材料，并向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁以确认劳动关系。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。