您好，关于您提出的“进厂查乙肝是否合法”的问题，我可以给您一个清晰、详细且有深度的解答。

首先，根据我国卫生部办公厅发布的《关于进一步规范乙肝项目检测的通知》以及国务院办公厅印发的《关于进一步做好高校毕业生等青年就业创业工作的通知》，明确规定了入职体检不得开展乙肝等检测项目。这一规定旨在切实维护乙肝表面抗原携带者的就业权利，防止因乙肝检测而产生的就业歧视。

具体来说，各级各类医疗机构在就业体检中，无论受检者是否自愿，都不得提供乙肝项目检测服务。这是为了保障平等就业权利，避免企业或单位通过变相手段强迫应聘者进行乙肝检测，从而侵犯其隐私权。同时，对于非就业体检，如果受检者本人主动要求进行乙肝项目检测，医疗机构应当妥善保存好受检者签署的知情同意书，并制发独立于常规体检报告的乙肝项目检测结果报告。

此外，体检报告应当完全密封，并在显著位置注明本体检报告仅限受检者本人拆阅，以确保受检者的隐私得到保护。地方各级卫生行政部门也会对收到的违规开展乙肝项目检测的投诉、举报等进行调查核实，并依法依规严肃处理。

因此，从法律和政策层面来看，进厂查乙肝是不合法的。企业或单位在招聘过程中，应当遵守相关法律法规，不得要求应聘者进行乙肝检测，也不得以乙肝检测结果作为录用或拒绝录用的依据。

希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。