企业指定医院进行乙肝体检的合法性需分情况讨论，具体如下：
若企业基于合法合规的入职或岗位需求进行乙肝体检：
- 法律依据：根据《就业服务与就业管理规定》第十九条，用人单位招用人员，除国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。同时，《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》也明确规定，各级各类教育机构、用人单位在公民入学、就业体检中，不得要求开展乙肝项目检测（即乙肝五项检测），不得要求提供乙肝项目检测报告，也不得询问是否为乙肝表面抗原携带者。
- 合法情形：然而，对于某些特定岗位，如食品加工、餐饮服务、幼教等，由于工作性质的特殊性，可能涉及公共卫生安全，国家法律法规可能允许或要求进行乙肝体检。但这种情况下的体检必须严格遵循相关法律法规，且仅限于特定岗位，不能一概而论地要求所有员工或求职者进行乙肝体检。
- 企业行为：如果企业基于合法合规的入职或岗位需求，在符合法律法规的前提下，指定医院进行乙肝体检，且体检项目仅限于必要的乙肝相关指标检测，那么这种行为是合法的。
若企业无正当理由或违反法律法规进行乙肝体检：
- 违法行为：如果企业无正当理由，或者违反上述法律法规的规定，强行要求员工或求职者进行乙肝体检，或者将乙肝病毒血清学指标作为体检的普遍标准，那么这种行为是违法的。
- 法律后果：企业可能面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等。同时，员工或求职者也有权向劳动行政部门投诉，维护自己的合法权益。
建议与提醒：
- 对于企业：在制定体检政策时，应严格遵守国家法律法规，确保体检项目的合法性和合理性。对于特定岗位的乙肝体检需求，应明确告知员工或求职者，并确保体检过程符合法律法规的要求。
- 对于员工或求职者：如果遇到企业无正当理由要求进行乙肝体检的情况，可以拒绝并保留相关证据，向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。同时，也可以了解自己的权益和法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。
总结：企业指定医院进行乙肝体检的合法性取决于体检的目的和岗位需求。在合法合规的前提下，特定岗位可能需要进行乙肝体检；但无正当理由或违反法律法规的体检行为则是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。