公司体检查乙肝是否合法，需根据具体情况分析。
一般情况下的合法性分析：
- 根据相关法律法规，如《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》等，用人单位在招、用工过程中，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。这意味着，在普通入职体检或职业健康检查中，公司未经员工同意擅自检查乙肝相关项目是违规的，可能侵犯员工的隐私权等相关权利。
特殊职业情况下的合法性分析：
- 对于某些特定职业，如食品生产经营、饮用水生产供应、公共场所服务等，由于这些职业直接涉及公共卫生安全，相关法律法规可能要求员工进行乙肝项目检测。在这些特定职业的入职体检中，公司要求检查乙肝项目是符合规定的，但仍需确保检查过程的合法性、公正性，并严格保密检查结果，以保护员工的个人隐私权。
公司应遵守的法律原则与建议：
- 公司在进行乙肝检查时，必须严格遵守相关法律法规，充分考虑员工的权益和隐私保护。
- 如需进行乙肝检查，公司应事先征得员工的明确同意，并告知检查的目的、范围以及结果的保密措施。
- 公司还应建立健全的隐私保护机制，确保员工的个人信息不被泄露或滥用。
综上所述，公司体检查乙肝的合法性需根据具体情况而定。在一般情况下，未经员工同意擅自检查乙肝是违规的；但在特定职业情况下，如涉及公共卫生安全的职业，相关法规可能要求乙肝检查。公司在进行任何形式的乙肝检查时，都应严格遵守法律法规，确保检查行为的合规性，并充分尊重员工的权益和隐私保护。如有更多疑问或需要法律咨询，请直接向我提问。