公司体检做乙肝两对半一般是不合法的，但在特定情况下可能存在例外。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律法规依据：
- 根据《就业服务与就业管理规定》第十九条，用人单位招用人员，除国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止乙肝病原携带者从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。这表明，在大多数情况下，用人单位不得将乙肝两对半作为体检项目。
- 同时，《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》也明确规定，各级各类教育机构、用人单位在公民入学、就业体检中，不得要求开展乙肝项目检测，不得要求提供乙肝项目检测报告，也不得询问是否为乙肝表面抗原携带者。
目的与意义：
- 这些规定旨在保护乙肝表面抗原携带者的隐私权和平等就业权，防止因乙肝病毒感染而受到歧视。
二、特定情况下的合法性
特殊职业要求：
- 对于某些特殊职业，如餐饮业、食品加工、托幼机构等，由于工作性质的特殊性，可能需要对员工进行乙肝两对半检测，以确保公共卫生安全。但这种情况必须严格遵循相关法律法规的规定，并确保检测的合法性和必要性。
员工自愿检测：
- 如果员工自愿进行乙肝两对半检测，并且用人单位没有强制要求或以此作为录用、晋升等条件，那么这种检测可能是合法的。但用人单位应尊重员工的隐私权，不得泄露检测结果或将其用于不正当目的。
三、法律建议与风险提示
对于用人单位：
- 应严格遵守相关法律法规的规定，不得将乙肝两对半作为常规体检项目。
- 如需进行特殊职业要求的检测，应确保检测的合法性和必要性，并尊重员工的隐私权。
- 避免将乙肝检测结果作为录用、晋升等条件，以免引发法律纠纷。
对于员工：
- 如发现用人单位违规进行乙肝两对半检测，有权拒绝并可以向相关部门投诉。
- 如因乙肝检测结果受到歧视或不公平对待，可以依法维护自己的合法权益。
风险提示：
- 用人单位违规进行乙肝检测可能面临法律责任，包括罚款、赔偿等。
- 员工因乙肝检测结果受到歧视可能对其职业生涯和心理健康造成负面影响。
总结来说，公司体检做乙肝两对半在大多数情况下是不合法的，但在特定职业要求或员工自愿检测的情况下可能存在例外。用人单位应严格遵守相关法律法规的规定，尊重员工的隐私权和平等就业权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。