您好，关于您提出的“入职查乙肝两对半是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，入职体检中不得违法违规开展乙肝项目检测，包括乙肝两对半。

这一规定主要基于以下几点：

1. 政策明确禁止：根据人力资源和社会保障部等多部门联合发布的《关于切实贯彻就业体检中乙肝项目检测规定的通知》以及国务院办公厅印发的《关于进一步做好高校毕业生等青年就业创业工作的通知》，均明确指出，用人单位在入职体检中不得违法违规开展乙肝项目检测。这是为了维护乙肝表面抗原携带者的就业权利，防止就业歧视。

2. 保护个人隐私：乙肝项目检测涉及个人隐私，如果用人单位强制要求进行此类检测，并可能因此歧视乙肝表面抗原携带者，这将严重侵犯其合法权益。政策要求医疗卫生机构在完善乙肝项目检测知情同意制度的同时，确保体检报告完全密封，交受检者本人或受检者指定的人员，以保护其隐私权。

3. 推进体检结果互认：为了减轻求职者的负担，政策还鼓励推进体检结果互认。对于外科、内科、胸透X线片等基本健康体检项目，如果求职者近6个月内已在合规医疗机构进行体检，用人单位应当认可其结果，原则上不得要求其重复体检。

4. 加强监督检查和处罚力度：为了确保政策的有效执行，相关部门将加强对人力资源市场和各类用人单位的监督检查，对违法违规行为依法严厉查处。同时，设立和公布投诉举报电话，鼓励公众对违法违规行为进行举报。

综上所述，入职查乙肝两对半是不合法的。用人单位在入职体检中应合理确定体检项目，不得违法违规开展乙肝等检测。如果您在求职过程中遇到此类情况，可以向相关部门投诉举报，以维护自己的合法权益。希望这个解答能够对您有所帮助。