您好，关于您提出的“入职查乙肝三项是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，入职查乙肝三项是不合法的。以下是我为您详细解释的相关政策和规定：

首先，根据人力资源和社会保障部、教育部、卫生部联合印发的《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》（人社部发〔2010〕12号）以及后续的相关通知，明确规定了在就业体检中不得进行乙肝项目检测。这一规定旨在保护乙肝表面抗原携带者的平等就业权利，防止因乙肝歧视而导致的就业不公。

其次，卫生部办公厅也发布了《关于进一步规范乙肝项目检测的通知》（卫办政法发〔2011〕14号），其中明确指出，各级各类医疗机构在就业体检中，无论受检者是否自愿，一律不得提供乙肝项目检测服务。这一规定进一步强调了禁止在就业体检中进行乙肝项目检测的立场。

此外，这些通知还规定了医疗机构在出具就业体检报告时的相关要求，如体检报告应当完全密封，并由受检者本人或受检者指定的人员领取，以保护受检者的隐私权。同时，对于违规开展乙肝项目检测的医疗机构，地方各级卫生行政部门将依法依规进行严肃处理。

因此，从政策层面来看，入职查乙肝三项是不被允许的，也是不合法的。如果您在求职过程中遇到用人单位要求进行乙肝项目检测的情况，您可以向当地的人力资源社会保障行政部门或卫生行政部门进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。