公司要求查乙肝是否合法，需根据具体情况来分析。以下是从不同角度给出的详细解答：

1. 一般情况下：

   • 根据劳动和社会保障部、卫生部2007年发布的《关于维护乙肝表面抗原携带者就业权利的意见》，以及后续的相关通知，用人单位在招、用工过程中，除国家法律、行政法规和卫生部规定禁止从事的工作外，不得强行将乙肝病毒血清学指标作为体检标准。
   • 这意味着，在普通的入职体检或职业健康检查中，公司未经员工同意擅自检查乙肝相关项目是违规的，可能侵犯员工的隐私权等相关权利。例如，若公司仅因员工是乙肝携带者就拒绝录用或辞退，这明显违反了相关法律法规对劳动者平等就业权的保护。

2. 特殊职业情况下：

   • 对于某些特定职业，如食品生产经营、饮用水生产供应、公共场所服务、托幼机构保育等，由于这些职业直接涉及公共卫生安全，相关法律法规可能要求员工进行乙肝项目检测。
   • 在这些特定职业的入职体检中，公司要求检查乙肝项目是符合规定的，但仍需确保检查过程的合法性、公正性，并严格保密检查结果，以保护员工的个人隐私权。例如，食品加工行业的员工若患有乙肝，可能通过食物传播病毒，因此进行乙肝检查是合理的且必要的。

3. 公司应遵守的法律原则：

   • 无论何种情况，公司在进行乙肝检查时，都应充分尊重员工的权益，确保检查行为的合规性。
   • 如需进行乙肝检查，公司应事先征得员工的明确同意，并告知检查的目的、范围以及结果的保密措施。
   • 公司还应建立健全的隐私保护机制，确保员工的个人信息不被泄露或滥用。例如，公司不得将员工的乙肝检查结果作为辞退或拒绝录用的唯一依据，也不得将检查结果泄露给无关第三方。

法律建议：

• 若你面临公司要求查乙肝的情况，首先应了解自己的权益和公司的要求是否合法。
• 若认为公司的要求违规，可以与公司进行沟通协商，表达自己的诉求和担忧。
• 若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
• 在整个过程中，保留好相关证据，如公司的通知、体检报告等，以便在必要时维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若公司未经员工同意擅自进行乙肝检查，并因此侵犯员工隐私权或就业权，公司可能面临法律责任，包括赔偿员工损失、接受行政处罚等。
• 若员工因公司违规查乙肝而遭受损失，如被辞退、拒绝录用等，员工有权要求公司承担相应的法律责任，并可以通过法律途径维护自己的权益。

总之，公司要求查乙肝是否合法需根据具体情况判断。在面对此类情况时，建议你了解自己的权益和公司的要求是否合法，并在必要时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。