关于“超过底薪的工作时间怎么算”这一问题，实际上涉及的是加班工资的计算。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，当员工的工作时间超过法定标准时，其超出部分的工资计算需遵循特定的法律法规。以下我将从法律依据、计算方法以及特殊情况等方面，为您详细解答这一问题。
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条明确规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、计算方法
1. 标准工时制下加班工资计算
平时加班（延长工作时间）：
- 假设某员工月工资为5000元，每月按21.75天计算工作日，每天工作8小时。
- 那么该员工的日工资为\(5000\div21.75\approx229.89\)元，小时工资为\(229.89\div8\approx28.74\)元。
- 若其在某日延长工作时间2小时，则其应得的加班工资为\(28.74\times2\times150\% = 86.22\)元。
休息日加班：
- 同样以上述员工为例，若在休息日加班8小时且不能安排补休，其应得加班工资为\(229.89\times200\% = 459.78\)元。
法定节假日加班：
- 若该员工在法定节假日加班8小时，其应得加班工资为\(229.89\times300\% = 689.67\)元。
2. 综合计算工时制下加班工资计算
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
- 超过部分应视为延长工作时间，并按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付工资报酬，即按不低于工资的150%的标准支付工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬，即按不低于工资的300%的标准支付工资报酬。
- 例如，某企业实行以季为周期的综合计算工时制，某季度该制度覆盖的员工总法定标准工作时间为\(62\times8 = 496\)小时（假设该季度有62个工作日）。若某员工在该季度实际工作了550小时，则超出部分为\(550 - 496 = 54\)小时，这54小时应按照不低于其小时工资的150%支付加班工资。
3. 不定时工作制下加班工资情况
- 经劳动行政部门批准实行不定时工作制的职工，不受《劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。
- 但用人单位应采用弹性工作时间等适当的工作和休息方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
- 一般情况下，不定时工作制不存在加班工资的计算问题，但在法定节假日安排工作的，应按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬。
三、特殊情况说明
计件工资制下的加班工资：
- 实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
- 例如，某计件工人每件产品的计件单价为10元，在正常工作时间完成了定额任务后，被安排延长工作时间继续生产产品，此时其每生产一件产品的加班工资应按照不低于\(10\times150\% = 15\)元计算。
加班工资基数确定：
- 加班工资基数一般按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。
- 如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际发放的工资作为计算基数。
- 在确定加班工资基数时，应剔除一些不列入工资总额的项目，如伙食补贴、上下班交通补贴、住房补贴等。
综上所述，超过底薪的工作时间（即加班时间）的工资计算需综合考虑工时制度、加班时间界定及法律规定等多个因素。劳动者应充分了解自身权益，并在必要时采取法律手段维护合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的加班工资得到合理支付。