当员工的工作时间超过法定标准时，其超出部分的工资计算是一个涉及法律法规和具体工时制度的问题。以下我将从法律依据、不同工时制度下的计算方法以及特殊情况等方面，为您详细解答。
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，当用人单位安排劳动者延长工作时间、在休息日或法定节假日工作时，需按照以下标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、不同工时制度下的加班工资计算
1. 标准工时制
在标准工时制下，加班工资的计算相对直接：
- 平日加班：假设员工月工资为X元，每月按21.75天计算工作日，每天工作8小时。那么日工资为\(X \div 21.75\)，小时工资为日工资\(\div 8\)。若延长工作时间Y小时，则加班工资为\(小时工资 \times Y \times 150\%\)。
- 休息日加班：若休息日加班Z小时且不能安排补休，加班工资为\(日工资 \times 200\% \times (Z \div 8)\)（若按天计算则为日工资的200%）。
- 法定节假日加班：若法定节假日加班W小时，加班工资为\(日工资 \times 300\% \times (W \div 8)\)（若按天计算则为日工资的300%）。
2. 综合计算工时制
在综合计算工时制下，加班工资的计算需考虑综合计算周期内的总实际工作时间：
- 若综合计算周期内的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付工资报酬，即按不低于工资的150%的标准支付。
- 法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬，即按不低于工资的300%的标准支付。
3. 不定时工作制
在不定时工作制下，一般情况下不存在加班工资的计算问题，因为该制度适用于无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工。但是，在法定节假日安排工作的，应按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬。
三、特殊情况说明
- 计件工资制下的加班工资：实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。
- 加班工资基数确定：加班工资基数一般按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际发放的工资作为计算基数。在确定加班工资基数时，应剔除一些不列入工资总额的项目，如伙食补贴、上下班交通补贴、住房补贴等。
四、注意事项
- 劳动者在计算加班工资时，应确保自己的实际工作时长有充分的证据支持，如考勤记录等。
- 用人单位在安排加班时，应遵守相关法律法规，与工会和劳动者协商，并确保加班时间不超过法律规定的限制。
综上所述，超过劳动法规定工作时间的工资计算需综合考虑工时制度、加班时间界定及法律规定等多个因素。希望以上解答能帮助您更好地理解这一问题，并在必要时维护自己的合法权益。