公司入职直接缴纳两个月社保是合法的。但这里需要明确几个关键点：

1. 社保缴纳的合法性：根据相关法律法规，公司为员工缴纳社保是其法定义务。入职时公司直接为新员工缴纳两个月社保，并不违反法律规定，只要确保缴纳的社保费用是按照国家规定的标准和比例进行，且及时足额缴纳。

2. 公司政策与劳动合同：公司具体的社保缴纳政策可能会因公司而异，通常会在劳动合同或员工手册中明确。因此，入职时缴纳两个月社保是否合法，还需结合具体的劳动合同和公司政策来判断。如果劳动合同或公司政策中有明确规定，且该规定不违反法律法规，那么就是合法的。

3. 社保缴纳的连续性：社保缴纳应当具有连续性，即员工在职期间，公司应当持续为其缴纳社保。如果公司仅在入职时缴纳两个月社保，而后停止缴纳，那么这是不合法的。因此，合法性还取决于公司是否持续为员工缴纳社保。

综上所述，公司入职直接缴纳两个月社保在一般情况下是合法的，但具体还需结合劳动合同、公司政策以及社保缴纳的连续性等因素来判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。